债权凭证作为债权人申请执行的权利凭证，是十分重要的凭证，必须要妥善管理。一是要单独编号，编号要体现发放的年份，以便于管理。二是要设专人管理。债权凭证的发放应当由执行案件的承办人根据债权人的请求，填写债权凭证审批表，由庭长和分管副院长进行审批。债权凭证发放后，应当由专人管理，设立债权凭证档案。
要管理好债权凭证工作，必须搞好债权凭证的登记工作。债权凭证的登记包括原始登记、变更登记和注销登记。
1.债权凭证的原始登记
债权凭证的原始登记是指最初向债权人发放债权凭证时应当登记的内容。债权凭证至少要记载以下内容：
一是债权人与债务人的基本情况。如果是自然人，要写明姓名、性别、住所地、身份证号;如果是法人或其他组织，则要写明单位名称和住所地。
二是债权金额及其债权依据。债权金额是未实现债权的金额。债权依据，是指债权所依据的法律文书的编号。
三是执行费的交纳情况。为了便于执行费的管理，在债权凭证上记载原执行案件的执行费收取情况，有利于防止以债权凭证作为执行根据的案件进入执行程序阶段的执行费的流失。
四是债权凭证持有人的权利与义务。权利主要是可以凭债权凭证申请执行;义务是在申请执行时要提供债务人有可执行财产的证据。
五是债权凭证的期限。以债权凭证作为执行根据申请执行是重新启动一个执行程序，根据我国现行民事诉讼立法精神而规定申请执行的期限是必要的，况且规定申请期限也便于管理和维护市场交易关系的稳定。债权凭证既不同于可作为执行根据的法律文书，也不同于中止裁定书。债权凭证申请执行的期限不宜定得过短，如一年的时间，也不能定得过长，甚至无期限。
参照我国民法上的长期诉讼时效的期限，定债权凭证的申请执行期限为二十年比较合适。债权凭证从颁发之日起超过二十年，债权人应当向人民法院申请延期，如果到期不予申请延期的，债权凭证则自动失效。
2.债权凭证的变更登记
在以下情况下发生债权凭证变更登记：
一是债权人根据债权凭证启动执行程序后，债权凭证记载的债权得以部分实现，这时债务人尚无足够的财产履行全部债务，此时，人民法院应当在债权凭证上记载已部分执行的数额和未实现债权的数额。
二是债权凭证的债权人因法定原因需要变更。作为公民的债权人死亡后，其依法取得继承权的继承人可以作为新的债权人到法院办理债权凭证的变更登记。作为债权人的法人或其他组织终止，权利继受人可作为新的债权人到法院办理债权凭证的变更登记。人民法院经审查后，以裁定的形式确认新的债权人，并在原有的债权凭证上进行相关事项的变更登记。