1、行政赔偿性质上是一种救济手段，目的主要是使公民、法人或其他组织因违法行政侵权行为所受的损害得到弥补；行政追偿的主要目的是对因故意或重大过失造成行政赔偿的行政机关、其他行政组织或者它们所属的行政人员通过责令其承担部分或全部赔偿费用的方式予以惩戒，而不是试图通过行政追偿来弥补国家行政赔偿费用的损失。
2、行政赔偿的对象是受以违法行政侵权行为损害的公民、法人和其他组织，而行政追偿的对象则是符合法律条件的行政赔偿义务机关和国家行政工作人员。
3、行政赔偿的前提是行政机关、其他行政组织以及国家行政人员行使职权时的行为违法侵害了公民、法人、组织的合法权益，而行政追偿的前提是行政赔偿义务机关或其工作人员对损害的发生有故意或重大过失，或者行政赔偿义务机关超出法定范围和标准给付赔偿。
4、行政赔偿发生在行政侵权行为违法并切实造成损害之后，而行政追偿则发生在行政赔偿义务和机关履行完结行政赔偿义务之后，行政赔偿是行政追偿的先决条件。
5、行政赔偿可适用(在排除主动赔偿的情况下)司法程序，而行政追偿只能按行政机关的内部程序处理；行政赔偿可由赔偿义务机关报主动或依受害人的请求而进行，而行政追偿则依照自上而下的“责令”程序进行。