一、在政府内部进行层级监督，及时处理违法行为。
按照《行政许可法》，上级行政机关要加强对下级行政机关及其工作人员行使行政许可权的情况进行监督检查；要完善许可权的运行程序，强化监督，制定监督规范，形成跟踪、有效的监督机制，从制度上严格防止行政许可权的滥用和在行政许可方面的腐败。
二、关于书面检查原则以及相关要求。
为了避免对被许可人的干扰，防止执法扰民，根据《行政许可法》，行政机关可以要求被许可人报送有关书面材料，通过对这些材料的审查，监督被许可人是否按照许可的条件、范围、程序等从事被许可事项的活动。
行政机关应当将监督检查情况和处理结果归档。为了加强群众对行政机关和被许可人的监督，按照行政许可的公开原则，《行政许可法》还授予了公众查阅行政机关监督检查记录的权利。同时，行政机关应当创造条件，实现与被许可人、其他有关行政机关的计算机档案系统互联，核查被许可人从事行政许可事项活动情况。这是为了方便被许可人提供有关材料，方便行政机关进行监督，提高办事效率。
三、行政机关实施抽样检查、检验、检测和实地检查、定期检验权适用的情形及程序。
作为对书面审查方式的必要补充，《行政许可法》第六十二条第一款授权行政机关在必要时可以依法进行抽样检查、检验、检测和实地检查，以便于行政机关履行监督责任。只有在法律、行政法规规定需要进行定期检验的，才能进行定期检验，并且限制了定期检验的范围，即只能对直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施进行定期检验。
四、行政机关实施监督检查时应当遵守的纪律。
《行政许可法》第六十三条明确规定了行政机关实施监督检查时必须遵守的禁止性行为规范：一是不得妨碍被许可人正常的生产经营活动；二是不得索取或者收受被许可人的财物；三是不得谋取其他利益。
五、行政许可监督检查实行属地管辖、有关行政机关之间应当相互协作。
《行政许可法》第六十四条实际上规定了属地管辖的原则：被许可人违法从事行政许可事项活动的，由违法行为发生地行政机关进行核实并依法作出处理。但违法行为发生地的行政机关应当依法将被许可人的违法事实、处理结果抄告作出行政许可决定的行政机关。这样，作出行政许可的行政机关可以及时了解被许可人的活动情况，并相应作出处理决定，以切实履行监督职责，实施有效监管。这样规定，还有利于明确监管责任，防止行政机关之间相互推诿扯皮，不能对违法行为及时作出处理。
六、保障个人、组织对被许可人从事行政许可事项的举报、投诉权。
《行政许可法》规定，行政机关应当采取多种措施对被许可人从事行政许可事项的活动进行监督。鼓励个人和组织进行举报和投诉，便是一种相当重要的监督方式，是发现违法活动的有效手段。行政机关对于举报和投诉应当及时作出反应。对举报和投诉反映的问题属实的，行政机关应当对不依法开展活动的被许可人和未经许可擅自从事依法应当取得行政许可的活动的公民、法人或者其他组织依法作出处理，并告知举报人、投诉人处理结果；对举报和投诉反映的问题不符合实际情况的，行政机关应当向举报人、投诉人说明有关情况。同时，行政机关应当为举报人、投诉人保密。
七、对于有限自然资源的开发利用及公共资源的配置，行政机关只能授予有限的申请人。
对于这些事项的许可，其主要功能是分配稀缺资源，以提高资源利用的效益。被许可人取得行政许可往往负有依法开展有关活动，以充分利用自然资源或者公共资源的义务。如《基本农田保护条例》规定，禁止任何单位和个人闲置荒芜基本农田，占用基本农田满1年不使用的，应当组织耕种；1年以上未动工建设的，应当按照规定缴纳土地闲置费；连续2年未使用的，经国务院批准，无偿收回用地单位土地使用权。《矿产资源勘查区块登记管理办法》第18条规定，探矿权人应当自领取勘查许可证之日起6个月内开始施工。
八、关于对取得直接关系公共利益的特定行业市场准入行政许可的被许可人履行义务的监督管理。
直接关系公共利益的特定行业，就是通常所称自然垄断行业，如铁路交通、民航、电信、邮政、电力以及城市供水、供气等行业这些行业都是关系国计民生的基础行业，直接影响到经济发展和生产、生活。授予被许可人行政许可权，就是因为根据其申请材料及实际条件，该申请人比其他申请人条件更优，能够提供更为便捷、安全、稳定的服务。如果不对其加强管理，被许可人可能会滥用其垄断地位，降低服务质量，损害消费者的利益和社会公共利益。因此，对于这类行业，国家一般都对其服务标准、价格、服务质量及普遍服务的义务等作出了相应的规定；这些行业的被许可人不得擅自停业、歇业，因特殊原因需要停业、歇业的，也必须报经原作出许可决定的行政机关批准，并有相应的替代其履行公共服务职能的方案。对于在监督检查中发现的被许可人不按要求履行义务的情形，应当及时作出处理，责令其履行义务或者采取必要的措施，迫使其履行义务。
九、关于行政机关督促重要设备、设施的设计、建造、安装和使用单位建立自检制度并对监督检查中发现的安全隐患及时采取措施的规定。
对直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施，除了依赖许可人的自检，行政机关还应当通过定期检验、不定期巡查，及时发现违法行为。根据《行政许可法》第六十八条第二款的规定，行政机关在监督检查时发现安全隐患的，应当责令停止建造、安装和使用，并责令设计、建造、安装和使用单位立即改正。对这些直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的行政许可事项，将监督责任重点放在预防安全隐患的产生上，重在制止违法行为的产生。