一、案情介绍
华丰公司位于佛山市普君北路的旧厂区地块为佛山市政府规划的广佛地铁普君北路站区域内，依照规划应拆迁搬离。华丰公司决定在佛山市南海区西樵镇河岗百西“西樵科技工业园”兴建新厂区，2006年4月12日通过佛山市南海区发展和改革局核准，可通过直接发包方式将所需兴建厂房发包出去。对此华丰公司就西樵山新厂区（第一标段）印花类成品加工车间、后整理印花车间、织造修补车间、五车间、漂染化工车间及空压机电房、综合楼、宿舍楼共七个工程项目的建筑、装饰、市政、安装及配套工程向多家施工单位邀请招标。上述项目工程用地、规划、报建已取得国有土地使用权证、建设工程规划许可证、建筑工程施工许可证。针对上述工程规格、招投标等要求，华丰公司于2006年3月17日作出《施工总承包招标方案》，其中招标须知第44.1款注明：新厂区案施工总平面图划分为两个标段（具体划分见施工总平面图），各标段内的道路及排水由各标段负责。第44.2款注明：主干道临时道路的平面位置应按设计图纸修建在12米宽的永久主路上，供两个标段施工单位共同使用。临时道路的修建费用和施工过程中的日常维护、保养费用均由第二标段负责，并保证该临时道路在施工期间运输安全及道路畅通。
2006年4月13日，华丰公司确定第一标段即案涉工程投标报价最高限价为2915万元，第二标段投标报价最高限价为1820万元。2006年4月14日，南海二建对案涉工程投标编制《工程量清单报价表》，确定对案涉工程投标总价为29134105.62元，并于同日预交了80万元投标保证金。南海二建在该报价表中将各项工程的夜间施工费、脚手架、环境保护费等措施项目费调整为零。同年4月15日，南海二建在编制《华丰公司西樵新厂区（第一标段）投标文件之一》其中的投标函中表示，愿意以29134105.62元投标报价并按华丰公司对涉案工程施工总承包方案提出的要求承包，承担工程施工、竣工、任何质量缺陷保险责任。2006年4月20日，华丰公司向南海二建出具《中标通知书》，确认将案涉工程发包给南海二建。
2006年5月23日，华丰公司与南海二建签订《建设工程施工合同》，双方确认合同协议书、招标文件及补充文件、中标通知书、招标书及附件、合同专用条款、通用条款、标准及规范与有关技术文件、图纸、工程量清单（仅供参考）、工程报价单或预算书，以及双方有关工程的洽商、变更等书面补充协议或文件为《建设工程施工合同》组成部分。
《建设工程施工合同》第一部分“合同协议书”主要约定：1、工程范围以施工图纸内容和工程招标文件内容、工程量清单为准，南海二建采取包工包料包工期包质量严格按照设计图纸施工；2、计划开工日期为2006年5月15日（开工日期以监理发出开工令为准），完工日期为2006年11月15日，工期为180日历天；3、工程合同价款为29134105.62元。
第二部分通用条款。关于发包人工作，第8.1款约定，应按专用条款约定的内容和时间完成以下工作：…（6）确定水准点与坐标控制点，以书面形式交给承包人，进行现场交验；…
关于工期延误，第13.1款约定：（1）因发包人未能按专用条款的约定提供图纸及开工条件；（2）发包人未能按约定日期支付工程预付款、进度款，致使施工不能正常进行；（3）工程师未按合同约定提供所需指令、批准等，致使施工不能正常进行；（4）设计变更和工程量增加；（5）一周内非承包人原因停水、停电、停气造成停工累计超过8小时；（6）不可抗力；（7）专用条款约定或工程师同意工期顺延的其他情况。工期可相应顺延。第13.2款约定：承包人在13.1款情况发生后14天内，就延误的工期以书面形式向工程师提出报告。工程师在收到报告后14天内予以确认，逾期不予确认也不提出修改意见，视为同意顺延工期。
关于工程竣工，第14条约定：承包人必须按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工。因承包人原因不能按照协议书约定的竣工日期或工程师同意顺延的工期竣工的，承包人承担违约责任。
关于工程质量，第15条约定：工程质量应当达到协议书约定的质量标准，质量标准的评定以国家或行业的质量检验评定标准为依据。因承包人原因工程质量达不到约定的质量标准，承包人承担违约责任。双方对工程质量有争议，由双方同意的工程质量检测机构鉴定，所需费用及因此造成的损失，由责任方承担。双方均有责任，由双方根据其责任分别承担。
关于工程变更，第29.1款约定：施工中发包人需对原工程设计进行变更，应提前14天以书面形式向承包人发出变更通知。变更超过原设计标准或批准的建设规模时，发包人应报规划管理部门和其他有关部门重新审查批准，并由原设计单位提供变更的相应图纸和说明。承包人按照工程师发出的变更通知及有关要求，进行下列需要的变更：1.更改工程有关部分的标高、基线、位置和尺寸；2.增减合同中约定的工程量；3.改变有关工程的施工时间和顺序；4.其他有关工程变更需要的附加工作。因变更导致合同价款的增减及造成的承包人损失，由发包人承担，延误的工期相应顺延。第31.5款约定：工程师确认增加的工程变更价款作为追加合同价款，与工程款同期支付。第31.6款约定：因承包人自身原因导致的工程变更，承包人无权要求追加合同价款。
第三部分专用条款
关于中间部分验收，第12条约定：按照施工验收规范及监理单位、建设单位的检验要求，每项隐蔽工程完成，由发包人、承包人和监理单位三方共同签字验收。
关于合同价款，第13.1款约定：本合同采用固定总价合同，合同价为中标价，合同价不作调整，在施工过程中由于发包人原因或设计变更引起的费用工程量增减而引起的工程价款调整的项目，按本合同第17条有关办法结算。
关于工程款（进度款）支付，第16条约定：本工程不预付备料款，工程进度款每月支付一次。承包人在下月5日前上报上月份的工程进度表及完成工作的报价书，经监理单位和招标单位核准后按当月实际完成工程量的70%作为上月进度款支付。本工程经竣工验收合格备案后30天内承包人应递交结算书给发包人，发包人应在30天内完成结算的审核，结算审核完成后10天内，支付至结算总造价的80%，剩余结算总价的20%（其中有5%为本工程的保修金，保修金在最后一期支付）分两年付清，每年支付10%（如果发生延期支付，在延期支付2个月内，承包人不得向发包人计取利息，延期支付超过2个月的，承包人可向发包人收取超出时间的活期存款利息）。
关于变更价款约定，第17.1款约定因发包人原因或设计变更引起的费用的增减按以下办法调整：1.工程开工后至竣工验收之前，不进行增减费用的计算，所有因发包人原因或设计变更引起的费用的增减应在竣工结算时计算费用增减，但承包人应做好有关变更的签证手续，如签证文件中有涉及更改合同单价的修改要求，必须在签证文件上明示，并将相关计价的依据提出，否则作签证手续不全，发包人一律不予承认（发包人、承包人、监理单位三方签证确认的工程量为结算依据）；2.因发包人原因引起的变更或设计原因引起的变更，变更工程量对比该工程项目投标单位投标清单中的分部分项工程量清单的工程量，在正负3%以内的（包括正负3%），视该部分工程量在清单中已经包含，不作费用增减；3.因发包人原因引起的变更或设计原因引起的变更，变更工程量对比该工程项目投标单位投标清单中的分部分项工程量清单的工程量，在正负3%以外的，按下列原则计算增减费用：（1）承包人在投标预算中有的清单项目的工程量的增减按中标的清单项目单价进行结算，取费按照投标报价中的费率；（2）承包人在投标预算中没有的清单项目的工程量的增减，套用2003年《广东省建设工程计价办法》相应专业的工程量清单计价办法及相关定额来计算其清单项目单价，材料价按施工期间的《南海工程造价信息》的发布价，发布价没有的材料价按发包人、承包人、监理单位三方签证确认的价格计算，管理费、利润、规费、税金等计算程序按建设行政主管部门的有关规定；上述计价完成后应按计算后造价的85%结算；（3）增减项目，只计算实体项目应增减的工程量，所有措施项目的增减不得调整费用。
关于竣工结算，第19条约定：本工程合同价（即中标价）＋工程变更增减价款＝本工程结算价。
关于违约责任，第20.1款约定：发包人存在通用条款第24条、第26.4款、第33.3款情况，工期可顺延。第20.2款约定，承包人存在合同通用条款第14.2款情况：工期每延误一天，承包人则向发包人支付违约金人民币壹万元。承包人存在合同通用条款第15.1款情况：负责工程返修，工期不补，承包人负责一切费用。双方约定的承包人其他违约责任：承包人对工程质量负全部责任。如承包人中途退场，停止施工，发包人除没收承包人的履约保证金人民币80万之外，承包人还应支付本合同工程总价的10％的金额作违约金给发包人，发包人的经济损失（包括银行利息、调查费、律师费）承包人仍应赔偿给发包人。
关于担保，第25条约定：中标人的投标保证金在中标后不予退还，在双方签定合同后自动转为履约保证金；履约保证金在工程验收合格后10日内退还（期间不计利息）。
上述工程确定监理单位为佛山市建城监理有限公司（以下简称建城公司），设计单位为广东启源建筑工程设计院有限公司（以下简称启源设计院）。
2006年7月15日，南海二建正式开工。施工过程中，因华丰公司设计变更增加工程量，以及台风、工业园将主要道路挖断增加临时道路等，致使南海二建实际施工工期与计划相比出现延误。2006年8月30日，建城公司在南海二建出具的《工程联系单》中确认：根据现场多次测量复核，华丰公司应提供场地的平均珠标为2.350，现场测量整个场地平均珠标高度为2.145，相差0.205。
2006年11月25日，建城公司以南海二建承建涉案工程进度滞后为由向南海二建出具联系函，要求南海二建采取有效措施将延误工期补回。2006年12月1日，建城公司又向南海二建出具《关于工程进度严重滞后问题必须尽快解决的函》，内容为：“从完成报建之日起截止2006年11月30日，施工日历天数136天，扣除监理签证顺延工期56天（其中：道路挖断进料受阻5天、桩检测影响45天、停电1天、台风影响5天），实际施工天数为80天。按照合同进度要求，应完成总工程量44%左右。经核算，截止2006年11月30日，工程的实际进度仅完成总工程量的34.543%左右（其中：宿舍楼、综合楼、漂染化工车间及空压机电房均未封顶，五车间只完成夹层砼和首层柱，其余编造修补车间、后整理车间、印花类成品加工车间等停留在＋基础上）。情况显示，工程进度严重滞后，预计比原计划进度拖延一个半月左右。工程付款方面，以工程总价按照工程进度为7044700元（29134105.62元×34.543%×70%），华丰公司已付进度款为10044700元（含11月份付款），对比合同已多付300万元。”2007年3月22日，建城公司以项目部再次发函南海二建，要求采取有效措施将工期赶回。2007年6月28日，建城公以项目部发函以一标段五月份开始因无材料进场，工程处于半停工状态，工程进度极其缓慢，特别是从6月15日，因工地无材料开工，施工工人逐步撤场，到6月24日最后一批外墙工人也全部撤走，工地处于完全停工状态，建议华丰公司采取向施工单位协商补偿或采取法律途径解决，以避免损失扩大。
2007年8月2日，南海二建以华丰公司低于成本价招标，承诺以后工程结算、保证南海二建应有5%利润引诱其中标，后中标施工中，拖欠工程进度款且未履行上述承诺，拒绝对工程款作出调整，而后双方于2007年7月13日达成共识：工程款根据施工图纸、设计变更、工程签证等，按定额计价结算；共同委托造价咨询机构对实际完成工程造价进行鉴定，并调整工程款；南海二建编制施工进度、材料采纳及资金支付计划，报送华丰公司及监理公司审批后，进行赶工等。南海二建以华丰公司未履行上述共识，未依约支付进度款、拒绝调整工程款、不配合工程施工等导致严重窝工、正常生产经营无法进行为由致函华丰公司，决定与华丰公司解除施工关系，停止施工并依法追讨工程款。2007年8月8日，华丰公司针对南海二建函件复函，声明已按照南海二建提交的进度计划支付工程进度款，支付数额远高于合同约定支付比例。南海二建工人工资发放与华丰公司无关，要求其妥善解决。南海二建擅自停工，违反合同约定，将保留追究其法律责任权利。2007年8月15日，华丰公司向南海二建公司发出《关于限期撤场通知》，限令南海二建于2007年8月22日前完成撤场，将全部机械设备、材料及人员等全部撤出，以便涉案工程机械进行施工，并保留追究因南海二建违约行为对华丰公司造成严重损失的权利。2007年8月31日，华丰公司再次向南海二建出具《解除﹤建设工程施工合同﹥及施工关系的通知》，声明：解除双方《建设工程施工合同》及施工关系，南海二建应按照《建设工程施工合同》第44条约定立即办理移交和撤出施工现场等。
2007年8月6日，佛山市建设局发布《房屋拆迁公告》，确定需对兆祥路与普君北路交叉口位置进行拆迁，华丰公司旧厂房位于拆迁路段。为妥善解决涉案工程停止施工终止施工合同问题，避免影响华丰公司年底前顺利搬迁，确保广佛线（禅城段）普君北路站按计划进场施工，2007年8月17日，佛山市轨道交通工程建设领导小组办公室为此在佛山市建设局召开协调会，并针对以上问题于2007年8月21日下发会议纪要，确定如下处理原则：南海二建应妥善解决和清还拖欠工人工资，清退或撤离工地的工人，让华丰公司能对涉案工程建设尽快复工，按期动迁，确保地铁按计划施工；由佛山市南海区建设局牵头，组织有资质中介机构和相关单位对涉案工程施工质量进行鉴定，为下一个施工单位继续施工提供质量依据和保证。
2007年9月10日，南海二建与监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院在七份《工程中间验收交接记录》签章确认2007年8月2日办理的交接，交接记录注明：中间交接部位为涉案工程印花类成品加工车间、后整理印花车间、织造修补车间、五车间、漂染化工车间及空压机电房、综合楼、宿舍楼共七个项目，交接情况详见“华丰纺织有限公司西樵新厂区工程分部分项工程量清单”附表，各分部分项工程质量施工单位自评合格。工程分部分项工程量清单对于上述七个项目记录方面，其中（1）后整理印花车间记录：混凝土地坪（序号21，项目编码10407004001），地坪浇捣厚度15厘米（C20商品普通砼20石），备注栏注明“还有一半未做”，即已完成7.5厘米浇捣，工程质量栏注明“部分地坪严重下陷破损要返工”，其余已完成部分全部合格；（2）漂染化工车间及空压机房工程记录：砖地沟（序号10，项目编码10306002001），工程质量栏注明“地沟旁的地坪破损下陷”；备注栏注明“内容第5项没做”，即“零星项目1：2.5水泥砂浆底15厚1：2.5水泥砂浆面5厚”项目未做，其余已完成部分全部合格；（3）宿舍楼工程记录：墙面一般抹灰（序号54，项目编码20201001002），工程质量栏注明“第六层墙面开裂（局部）”；备注栏注明“首层1／6-7交P-R，1／7-8交P-R房间部分未做；天面女儿墙内侧未做；其余完成”。外墙块料墙面（序号56，项目编码20204003002），工程质量栏注明第六层部分墙面开裂（局部），其余已完成部分全部合格；（4）综合楼、五车间、印花类成品加工车间、织造修补车间现场实际完成工程项目全部质量检验合格。
2007年11月16日，南海二建、华丰公司与监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院共同对已完成工程项目进行工程（中间）竣工验收，验收结果分别为：（1）后整理印花车间。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和框架结构分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审理合格，同意主体分部分项已完成部分工程竣工（中间）验收。地面建筑装饰装修分部分项已完成部分情况见附页。附页《有关工程质量问题补充说明》记录如下：①存在问题：经现场检查，后整理车间首层地面砼（厚度7CM左右）有下沉破损的现象。②整改意见：以上存在问题已发《监理工程师通知单》014和《监理工作联系单》003至施工单位责令其整改；（2）漂染化工车间及空压机电房。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和主体结构分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意工程竣工（中间）验收。屋面分部分项已完成部分同意工程（中间）竣工验收。地面建筑装饰装修分部分项已完成部分情况见附页。附页《有关工程质量问题补充说明》记录如下：①存在问题：经现场检查，漂染化工车间首层地面砼（厚度7CM左右）有下沉破损的现象。②整改意见：以上存在问题已发《监理工程师通知单》014和《监理工作联系单》003至施工单位责令其整改；（3）宿舍楼工程。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和主体结构分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意工程竣工（中间）验收。屋面分部分项已完成部分工程（中间）竣工验收。建筑装饰装修部分分部分项完成情况见附页。附页《有关工程质量问题补充说明》记录如下：①宿舍楼装饰装修工程部分完成了部分墙面一般抹灰和刮塑（具体完成部分见三方确认的《分部分项工程量清单计价表》。②存在问题：经现场检查，宿舍楼六层装修部分墙体与框架梁之间（阴阳角）出现裂缝。整改意见：以上存在问题已发《监理工作联系单》003致施工单位责令整改；（4）织造修补车间。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和框架结构分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意主体分部分项已完成部分工程竣工（中间）验收。地面建筑装饰装修分部分项已完成部分情况见附页。附页《有关工程质量问题补充说明》记录如下：①存在问题：经现场检查，织造修补车间首层地面砼9-14轴交A-J轴（即设备基础部分）施工单位少铺设2CM厚C20（设计要求20CM厚，施工单位铺设18CM）。②整改意见：以上存在问题已发《监理工作联系单》003及《施工单位工程联系单》土建027责令施工单位整改；（5）综合楼工程。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和主体框架结构（不包括钢结构）分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意主体分部分项已完成部分工程竣工（中间）验收。附页《有关工程质量问题补充说明》记录如下：综合楼（饭堂）首层和外墙雨蓬漂板有渗水现象；（6）印花类成品加工车间。“工程验收结论”为：地基基础分部分项工程和框架工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意主体分部分项已完成部分工程竣工（中间）验收；（7）五车间。工程验收结论为：地基基础分部分项工程和主体结构分部分项工程经过现场实体检查和工程技术资料审查合格，同意工程竣工（中间）验收。屋面分部分项已完成部分同意工程（中间）竣工验收。
本案诉讼中，华丰公司就涉案工程现状，于2007年8月19日委托佛山市南海区公证处进行公证，支付公证费及制作DVD费用合计2200元。于2007年8月26日与广东源浩律师事务所签署《民事委托代理合同》，约定广东源浩律师事务所指派沈文雷、崔春律师作为与南海二建因本起建设工程施工合同纠纷案一审委托代理人，律师服务费为30万元，该笔费用已支付。
华丰公司于2002年与佛山市石湾环市镇东村果房股份经济社签订《租赁合同》，约定佛山市石湾环市镇东村果房股份经济社将位于果房工业区工业大道48号房屋出租给华丰公司作为生产经营使用，从2002年8月16日起至2012年8月9日止。2006年6月1日，华丰公司与佛山市禅城区环市街道朝东村民委员会签订《租赁合同书》，约定佛山市禅城区环市街道朝东村民委员会将位于果房工业大道48号厂房出租给华丰公司，2006年6月1日至2007年5月31日止租金每月为9680元；华丰公司续租5个月，从2007年6月1日至2007年10月30日，租金每月提高至10648元。2007年2月1日，华丰公司与佛山东亚股份有限公司签订《租赁合同》，约定佛山东亚股份有限公司即日起将位于佛山市禅城区六村正街71号房屋出租给华丰公司，其中出租的6450㎡房屋每月租金为41925元，出租的617㎡的房屋每月租金为2468元，租赁期间截至2007年6月30日。
就南海二建撤场问题，经一审法院主持调解，双方自愿达成调解协议，一审法院于2007年11月8日出具（2007）佛中法民五初字第20-1号调解书予以确认，协议内容为：
一、由于佛山市政府在广佛地铁工程的施工，需要华丰公司尽快迁出位于禅城区原厂房，经佛山市政府和法院召开协调会，为使南海二建尽快撤离讼争工程场地及移交相关工程验收资料，基于南海二建拖欠工人工资及撤场所需，本协议自签订之日起，双方终止讼争的建设工程施工合同关系；二、为了解决施工单位撤场以及拖欠工人工资问题，华丰公司先垫付120万元，在2007年11月9日付60万元；在2007年11月20日付清剩余60万元；逾期付款，华丰公司赔偿120万元给南海二建（佛山市中级人民法院账号名：422001040017988佛山农行华达支行）；三、南海二建自华丰公司支付第一期60万元到佛山市中级人民法院账户之日起，三周（21日）内完成讼争工程场地撤离并将工地交还给华丰公司；逾期则由南海二建赔偿120万元给华丰公司；法院在款项到账后即将款项划付给南海二建以及深圳豪鹏建材有限公司，具体金额为每一笔的60万元中的40万元划付给深圳市豪鹏建材有限公司（深圳市农行西乡支行，账号41019900040002412），深圳市豪鹏建材有限公司共可收取80万元，20万元划付给南海二建（南海建行账号44001667236050696879），南海二建共可收取40万元；四、南海二建确认深圳市豪鹏建材有限公司外排棚质量合格，符合合同要求，深圳市豪鹏建材有限公司自2007年11月12日起两周内将外排棚拆除并撤离，逾期一天，则每日赔偿7万元给南海二建，因华丰公司迟延付款或者天气恶劣无法施工等导致的迟延可以免除责任，退场时间相应顺延；五、南海二建将应提供的全部工程验收资料移交给华丰公司，具体操作为：在2007年11月14日前移交技术资料（其中1.水泥合格证、检验报告；2.砂物理性检验报告；3.混凝土搅拌质量记录；4.混凝土试件抗压强度检验结果汇总表；5.混凝土试件抗压强度计算表；6.混凝土试件抗压强度检验报告；7.混凝土试件抗渗等级报告；8.混凝土配料单共8类材料可至2008年2月9日前提交）给华丰公司，华丰公司接收后提交给南海区建设主管部门予以审核，主管部门审核后需要补充资料的，由华丰公司通知南海二建补齐，逾期提交，则由南海二建赔偿10万元给华丰公司，除非华丰公司的原因而导致逾期撤离或提交的，则不需要承担赔偿责任；六、南海二建在讼争工地的铝合金材料，由华丰公司按当时投标清单中的有关价格接收，其他建筑材料由南海二建自行处理；七、讼争已完成的工程现已存在的质量问题，由华丰公司与南海二建共同委托第三方来修复，工程量由南海二建与第三方确认，修复费用按现行定额计算由南海二建负担；八、在本案判决中，若华丰公司应再支付工程款给南海二建的，则南海二建在此垫支款中扣减，扣减后该垫支款仍有余款的，余款应在10日内返还给华丰公司；若南海二建应返还工程款或应支付相关款项给华丰公司的，则此垫支款应在10日内返还给华丰公司，该垫支款按银行同期贷款利率计算。
本案审理中，华丰公司于2007年11月7日向一审法院申请对华丰公司西樵新厂区工程（第一标段）已完成工程中质量不合格项目进行鉴定，作出修复方案，并确定已完成工程中质量不合格项目进行修复所需的费用。期间，双方协商于2007年11月13日签订协议书确定由恒佳建筑公司对讼争已完成工程存在的质量缺陷进行修复，明确修复后工程的质量应符合《建设工程施工合同》约定的技术标准、规范和技术要求，工程质量及建设标准。恒佳建筑公司接受委托后就华丰公司新厂区一标段工程裂缝及空鼓问题于2007年11月13日出具处理方案，于2007年12月12日就华丰公司新厂区（一标段）工程宿舍楼存在问题出具处理方案，同年12月15日就修复项目出具《工程报价书》，认定上述问题修复所需造价为633026.42元。南海二建于2007年11月20日就该标段工程质量问题出具建议处理方案，认定涉案工程质量修复包工包料所需费用为30505元。设计单位启源建筑公司审核南海二建2007年11月20日提出的方案及恒佳建筑公司2007年11月13日出具的修复方案后认为，南海二建提出的修补方案欠佳，质量影响范围小，措施不当，修复后难以达到原设计和规范要求，建议采用恒佳建筑公司提出的修复方案。
因各方对涉案工程修复问题仍不能达成一致意见，一审法院于2008年2月29日决定委托鉴定机构对涉案的工程已完成工程中质量维修范围及维修费用问题进行鉴定。广东安固建筑工程质量司法鉴定所（以下简称安固鉴定所）经一审法院委托，于2008年5月15日就涉案工程质量鉴定问题出具《华丰公司新厂区（一标段）部分工程质量鉴定报告》。佛山同益达工程顾问有限公司（以下简称同益达公司）经一审法院委托，在安固鉴定所出具的《质量鉴定报告》及答复、施工图纸、有关工程变更、签证资料、工程质量处理意见基础上，于2009年4月3日就涉案工程建筑部分及市政部分出具造价鉴定结论，结论为：1、华丰公司新厂区（一标段）修复工程-建筑部分鉴定造价为1825322.77元；2、华丰公司新厂区（一标段）-市政部分鉴定造价为745084.97元。同益达公司同时注明该《质量鉴定报告》不应作为判定是否属于诉讼施工合同承包范围的依据，如经过认可的实际修复方案与工程质量鉴定报告中的建议修复方案不同，则实际修复造价应以经过认可的实际修复方案计价。
就涉案工程投标价是否低于成本价问题，南海二建于2007年8月1日向一审法院提出申请，请求委托司法鉴定机构对涉讼整体工程的造价成本、已完成的工程项目造价进行鉴定。一审法院依法委托佛山市粤辉工程造价咨询事务所有限公司（以下简称粤辉造价公司）就如下项目进行鉴定：1、讼争工程如完成所需成本、已完成的工程项目状况及已完成的工程项目占双方合同约定的整个工程项目比例；2、以涉诉工程招投标时的招标文件及施工图，核定整个讼争工程的不含利润部分的工程造价；3、以涉诉工程施工图、设计变更及签证资料，核定诉争工程已完成项目含利润及不含利润的工程造价；4、以涉诉工程投标文件的工程量、设计变更及签证资料，核定诉争工程已完成的含利润及不含利润的工程造价。粤辉造价公司依据华丰公司西樵新厂区（第一标段）建设工程施工合同、华丰公司西樵新厂区（第一标段）施工总承包招标方案、南海二建关于华丰公司西樵新厂区（第一标段）的投标文件、施工图及设计修改通知单、桩基础施工工程记录书、现场工程签证单、建设单位、施工单位及监理公司三方确认的已完成《分部分项工程量清单计价表》、施工现场勘察情况、《广东省建筑工程综合定额》（2003年）、《广东省装饰装修工程综合定额》（2003年）、《广东省安装工程综合定额》（2003年）、《广东省市政工程综合定额》（2003年）及省市造价主管部门颁发的相关计价文件、《佛山工程造价信息》（2006年第1季度）及其他相关资料，并在各方对数基础上于2011年3月31日出具正式鉴定报告，鉴定内容为：
（一）方案一的工程造价为：华丰公司西樵新厂区（第一标段）不含利润的工程造价为：37886958.71元。
（二）方案二的工程造价为：1、华丰公司西樵新厂区（第一标段）已经完成项目工程造价为18225809.24元；2、华丰公司西樵新厂区（第一标段）预制管桩断桩部分工程造价为42555.74元；3、华丰公司西樵新厂区（第一标段）管桩超过预算桩长±3％以外部分工程造价为152824.19元。
（三）方案三的工程造价为：1、华丰公司西樵新厂区（第一标段）已经完成项目利润按人工费的27.5%计算的工程造价为：24293011.90元；2、华丰公司西樵新厂区（第一标段）已经完成项目不计算利润的工程造价为：23415362.50元。
（四）方案四的工程造价为：1、华丰公司西樵新厂区（第一标段）已经完成项目利润按人工费的27.5%计算的工程造价为：24453568.36元；2、华丰公司西樵新厂区（第一标段）已经完成项目不计算利润的工程造价为：23560522.35元。
（五）单列项目
1、室外临时道路工程造价为：280750.86元；2、场平填土（标高从2.145到2.35）工程造价为：224078.69元；3、建筑物土方挖填（按标高2.35）工程造价为：222830.05元；4、挖除临时道路超高部分工程造价为：31668.33元。
又查明，南海二建撤场时，双方就现场剩余材料和铝合金材料的处理达成一致，于2007年11月29日制作《移交清单》，约定由华丰公司按照当时投标清单有关价格接收，未进行造价鉴定，部分产品为半成品，双方就该价款未能达成一致。
截止2007年8月2日，华丰公司已向南海二建及南海二建指定的材料商供应商支付工程材料款及费用合计20008587元，另基于民事调解书支付了120万元。
鉴定评估费用方面，委托安固鉴定所进行质量鉴定产生鉴定费16万元，委托同益达公司进行修复费用鉴定产生鉴定费为4万元，由华丰公司垫付。委托粤辉造价公司进行成本鉴定产生鉴定费553149.84元，由南海二建垫付，已支付38万元，未付173149.84元。
南海二建一审的诉讼请求为：1、确认案涉《建设工程施工合同》无效；2、判令华丰公司支付工程款10097887.44元及利息（自起诉之日起至付清之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）；3、判令华丰公司返还履约保证金80万元；4、确认南海二建对涉案工程享有建设工程价款优先受偿权。
华丰公司答辩称，（一）《建设工程施工合同》是华丰公司与南海二建自愿签订的，合同的内容是双方真实意思表示，《建设工程施工合同》是合法有效的。（二）南海二建主张合同无效的理由概括为“投标价低于成本价，违反了法律的强制性规定”，南海二建主张合同无效的理由既有悖于本案的事实情况，亦有违法律规定，其申请确认《建设工程施工合同》无效的理由是不成立的。（三）南海二建要求支付10097887.44元的工程款无事实依据。南海二建、华丰公司、工程监理三方已共同确认南海二建完成工程量为2064.59万元，而华丰公司已实际支付工程款2010.514万元，南海二建要求支付10097887.44元无任何依据。
华丰公司的反诉请求为：1、华丰公司没收南海二建的履约保证金80万元；2、南海二建向华丰公司支付中途退场违约金2913410.56元；3、南海二建向华丰公司支付施工逾期违约金166万元（暂计至2007年8月31日，自2007年9月1日起计至南海二建实际退场之日止）；4、南海二建向华丰公司赔偿律师费、调查公证费合计302200元；5、南海二建向华丰公司赔偿租金损失567280元、违约损失230万元（两项损失均暂计至2007年8月30日，自2007年8月31日起应实际计至新厂房建成投产之日止）；6、南海二建向华丰公司赔偿停工损失2109235.2元（暂计11、12月，应计至新厂房建成投产之日）；7、南海二建向华丰公司赔偿委托他人二次进场施工损失1195063.51元；以上欠款合计11847189.27元；8、判令南海二建支付华丰公司质量不合格工程修复费用2570407.74元及利息（利息自起诉之日起按同期银行贷款利息计算）。
二审法院对一审判决认定的主要事实予以确认。
本院庭审中，华丰公司和南海二建明确表示，对二审查明的事实均无异议，本院予以确认。
对于《工程造价鉴定报告》中“单列项目”第四项“挖除临时道路超高部分工程”，华丰公司明确，该部分费用已经包括在修复费用中。
对于应退还的材料款，华丰公司称，因为重新鉴定已经不可能，应由法院酌定，但是应考虑到《移交清单》大部分是零散的材料，还是半成品，原判决酌定得太高了。
华丰公司的反诉请求中，对违约损失230万元，华丰公司称，是其他租赁厂房的损失，但再审并未提交证据证明；对停工损失2109235元，华丰公司称，系其自行计算得出；对委托他人二次进场施工损失1195063元，华丰公司称，系其单方委托鉴定所得。
对于2007年6月28日监理单位建城公司给华丰公司函中所载“2007年6月24日南海二建最后一批外墙工人全部撤走，工地处于完全停工状态”的事实，华丰公司予以认可。
本院再审查明，《建设工程施工合同》第三部分专用条款第7.1款约定，发包人工作：（4）开工前由测绘单位向施工单位提供水准点与坐标控制点。
二、争议焦点
（一）案涉施工合同的效力应如何认定；
（二）华丰公司应否以及如何承担工程欠款及利息；
（三）华丰公司的反诉请求是否成立，应否支持。
三、法律分析
一审法院认为，（一）关于《建设工程施工合同》效力。
粤辉造价公司针对讼争工程造价共出具四个方案的《工程造价鉴定书》，是基于南海二建与华丰公司双方签订的《建设工程施工合同》、华丰公司出具的《施工总承包招标方案》、南海二建的投标文件、涉案工程的施工图及设计修改通知单、桩基础施工工程记录书、现场工程签证单、南海二建与华丰公司及监理公司三方确认的已完成《分部分项工程量清单计价表》、施工现场勘察情况，以及在与南海二建、华丰公司工作人员经过不断对数确定具体项目、工程量基础上作出，鉴定机构主体适格，鉴定对象明确、程序合法，所鉴定项目与客观事实相符，所采用的鉴定方法为《广东省建筑工程综合定额》（2003年）、《广东省装饰装修工程综合定额》（2003年）、《广东省安装工程综合定额》（2003年）、《广东省市政工程综合定额》（2003年）、《佛山工程造价信息》（2006年第1季度）及省市造价主管部门颁发的相关计价文件，适用标准合理，华丰公司虽有异议，但未能予以推翻，依据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十一条“人民法院委托鉴定部门作出的鉴定结论，当事人没有足以反驳的相反证据和理由的，可以认定其证明力”，据此，对粤辉造价公司针对涉案工程所作的四个方案《工程造价鉴定书》效力予以确认，并依法将其作为认定双方签订的《建设工程施工合同》效力依据。基于粤辉造价公司对涉案工程出具的不含利润《工程造价鉴定书》（方案一）分析，即使不考虑南海二建应获得的人工利润，该工程造价成本亦需37886958.71元，相对双方签订的《建设工程施工合同》约定的29134105.62元，差额比例超过20%。对于工程的招标投标，《中华人民共和国招标投标法》第四十一条第二款规定“中标人的投标应当能够满足招标文件的实质性要求，并且经评审的投标价格最低；但是投标价格低于成本的除外”，华丰公司将自身需建造的工程发包亦受此强制性规定约束。因《工程造价鉴定书》效力已予以确认，而南海二建与华丰公司签订的《建设工程施工合同》约定的中标价远低于《工程造价鉴定书》认定的造价，违反了上述法律规定，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第五项规定的“违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效”，据此南海二建请求确认与华丰公司就涉案工程所签订的《建设工程施工合同》无效正当合法，予以支持。
（二）南海二建已完工工程款及剩余材料款认定。粤辉造价公司对已经完成工程作出的《工程造价鉴定书》（方案二）是基于《建设工程施工合同》合法有效为前提，因《建设工程施工合同》效力不予确认，故此华丰公司主张依据《工程造价鉴定书》（方案二）确定的造价18225809.24元计付南海二建已完工工程款理据不足，不予支持。粤辉造价公司针对涉案已经完成工程造价出具了两个不同方案的《工程造价鉴定书》，差异表现在于工程量计算方式不同。如工程量计算依据施工图确定（方案三），利润按人工费的27.5%计算则工程造价为24293011.90元，不计算利润的工程造价为23415362.50元；如工程量计算依据投标文件确定（方案四），利润按人工费的27.5％计算则工程造价为24453568.36元，不计算利润的工程造价为23560522.35元。《工程造价鉴定书》（方案一）工程量的确定虽基于华丰公司招标时的招标文件及施工图，但双方对招标文件确定的造价未能达成一致，且南海二建在实际施工过程中，涉案工程的工程量客观上存在增加，设计亦存在变更的事实，故依据实际施工量即施工图相对招标文件，更能体现南海二建实际施工以及所完成的工程量状况。据此，《建设工程施工合同》无效情形下，依法采纳粤辉造价公司基于施工图作出的《工程造价鉴定书》（方案三）确定的造价。另利润方面，该方案确定的利润按人工费的27.5%计算合情合理，亦予采纳。针对《工程造价鉴定书》（方案三）确定的项目及造价是否存在有误问题，1.织造修补车间措施费中横板工程（序号10）计算有误，工程量应从鉴定报告认定的4763.62平方米调整为三方原先对数确定的4690.65平方米，相应的造价从10861.05元调整为10694.68元，差额为166.37元；2.漂染车间墙身防潮层确定量有误，三方对数确定量为81.63平方米，鉴定报告清零，按照造价计算，差额部分为698.75元。《工程造价鉴定书》（方案三）确定的其他项目各方均无证据予以推翻，对此不予调整，迳予确认。经调整，已完成工程造价及含人工费总额为24293544.28元（24293011.90元-166.37元＋698.75元）。对于已完成工程单列的项目室外临时道路、场平填土（标高从2.145到2.35）、建筑物土方挖填（按标高2.35）、挖除临时道路超高部分，上述项目属于施工过程中需要增加、变更的项目，粤辉造价公司参照《广东省建筑工程计价办法》（2003年）、《广东省建筑工程综合定额》（2003年）及投标预算计费标准计算该部分造价，计算方法合理，予以采纳，确定该项目造价为759327.93元。
另，南海二建退场时，双方于2007年11月29日就现场剩余材料和铝合金材料的处理与华丰公司达成一致，由华丰公司依照《移交清单》上确认清点的具体材料及项目按照当时投标清单中有关价款接收。因该项目未委托鉴定机构进行鉴定，而华丰公司已接收使用，难以后续鉴定确定价款，对此结合《移交清单》上材料项目及完工状况，比对《工程造价鉴定书》与《工程量清单报价表》价款，参照南海二建于庭后依当时投标清单有关价格提出的价款229749.30元酌情支持六成，经核算，该部分价款为137849.58元（229749.30元×60%）。综上，《建设工程施工合同》无效，按南海二建已完工工程计付部分人工费后，南海二建应获工程款为25052872.21元（24293544.28元＋759327.93元），退场剩余材料和铝合金材料款为137849.58元。
（三）已完工工程部分修复费用认定。涉案工程由印花类成品加工车间、后整理印花车间、织造修补车间、五车间、漂染化工车间及空压机电房、综合楼、宿舍楼共七个项目构成，就上述项目质量修复费用存在两种认定。一是恒佳建筑公司接受双方委托于2007年12月15日就修复项目出具的《工程报价书》，认定上述问题修复所需造价为633026.42元，该修复方案征询原设计单位启源建筑公司后予以认可。二是同益达公司在安固鉴定所出具的《质量鉴定报告》及答复、施工图纸、有关工程变更、签证资料、工程质量处理意见基础上，于2009年4月3日就涉案工程建筑部分及市政部分出具造价鉴定结论，鉴定结论认为：1.华丰公司新厂区（一标段）修复工程-建筑部分鉴定造价为1825322.77元；2.华丰公司新厂区（一标段）市政部分鉴定造价为745084.97元。关于两种修复费用方案和修复费用采纳问题。虽然之前双方就涉案工程质量问题达成一致意见，并确认由恒佳建筑公司负责修复，监理建城公司、设计部门启源建筑公司及华丰公司等均认可恒佳建筑公司提出的修复方案具有可行性，但南海二建坚持不同意采纳恒佳建筑公司提出的方案，可见双方就修复方案及修复费用无法达成一致意见，就此委托鉴定机构对涉案工程质量及修复费用进行鉴定，鉴定机构主体适格，鉴定程序合法，在无证据证明该修复方案及修复报告存在错误情况下，应将其作为确定涉案修复费用的裁判依据。至鉴定机构进行修复鉴定之前，对讼争已完成部分，南海二建与华丰公司、监理单位已于2007年9月15日进行了质量检验，签署的《分部分项工程量清单计价表》对后整理印花车间、漂染化工车间及空压机电房工程、宿舍楼工程、综合楼、五车间、印花类成品加工车间及织造修补车间等七个分项工程项目的检验情况作了记录，除极少一部分存在质量瑕疵外，确认已完成部分全部合格。同年11月16日，双方又与监理、施工、勘察、设计单位共同对已完成工程项目进行工程（中间）竣工验收，签署《工程（中间）竣工验收报告》，再次对存在质量问题部分工程的范围予以确认。由此可见，涉案工程合格部分及存在质量问题项目已经明确，同益达公司所作出的《工程造价鉴定书》涉及的鉴定项目应否采纳，应结合安固鉴定所作出的《质量鉴定报告》、南海二建与华丰公司以及监理机构等确认的《分部分项工程量清单计价表》、《工程（中间）竣工验收报告》确定的项目、范围进行审核认定。1、关于《工程造价鉴定书》中建筑部分修复费用认定。比对《工程造价鉴定书》中建筑部分的《分部分项工程费汇总表》与《分部分项工程量清单计价表》，因《分部分项工程量清单计价表》关于后整理印花车间工程序号10（编号10306002001）的“500宽砖地沟（不计盖板）”现场实际完成情况为“没做”，粤辉造价公司对工程量进行鉴定已将该因素予以考虑，《分部分项工程费汇总表》将后整理印花车间部分序号12、13、14三个分项工程即砌砖地沟及相应混凝土垫层、环氧树脂胶泥封闭裂缝工程修复费用予以计算不当，上述三个项目金额（31661.79元＋11663.7元＋14225.2元）应予以调整，南海二建意见正当合理，予以采纳，将以上项目修复费用金额调整为0；《工程造价鉴定书》中建筑部分的《分部分项工程费汇总表》后整理印花车间、漂染化工车间中序号8“回填土机械夯实”与序号9“石渣充砂底层”、序号10“铺筑水泥石屑混合料”计价重复，南海二建主张应予以调整合理，予以采纳，将两个项目序号8“回填土机械夯实”修复费用金额分别由10827.64元、5466.33元调整为0。对于南海二建主张安固鉴定所《质量鉴定报告》中针对后整理印花车间、漂染化工车间与其移交工程时的状况在塌陷位置及塌陷面积上均存在重大差异，《工程造价鉴定书》针对该项目作出的造价鉴定不应采纳问题，南海二建移交涉案工程时对以上位置作出的记录并未得到监理建城公司、华丰公司等方确认，系单方记录，证明力欠缺，该证据未能推翻安固鉴定所作出的《质量鉴定报告》关于上述项目认定，其抗辩理据不足，不予采纳。2、关于《工程造价鉴定书》中市政部分修复费用认定。市政部分即涉案的临时道路工程项目，虽然华丰公司在《施工总承包招标方案》中投标须知第44.2款明确“主干临时道路的平面位置应按设计图纸修建在12米宽的永久主路上，供两个标段施工单位共同使用。临时道路的修建费用和施工过程中的日常维护、保养费用均由第二标段负责，并保证该临时道路在施工期间运输安全及道路畅通”，即第二标段施工单位承担铺设及维护涉案工程的临时道路义务，南海二建不承担该项义务。因施工需要，南海二建向华丰公司及监理建城公司发出《工程联系单》（编号：土建002），反映管桩费用增加及铺设临时道路费用增加问题，其中第2点明确“原合同提供的施工主干道由第二标段施工提供给第一标段，现施工主干道一直未动工，所以第一标段必须另行修筑施工道路，由此造成费用增加”，监理建城公司于该《工程联系单》注明“关于修筑施工道路，请华丰公司考虑”，在华丰公司未提出异议情况下，南海二建修建了该段临时道路以满足施工通行需要，相对《建设工程施工合同》约定，该部分工程量进行了增加。关于增加的临时通行道路是否存在质量问题，2007年9月10日南海二建与监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院在七份《工程（中间）验收交接记录》中未提及，2007年11月16日华丰公司与南海二建、监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院共同对已完成工程项目所作的《工程（中间）竣工验收报告》中，华丰公司亦未提出异议。临时道路铺筑至安固鉴定所进行鉴定时已近两年时间，结合2007年8月双方发生争议后南海二建已停止施工，工程整体移交给华丰公司使用后亦已半年，而该期间第二标段施工单位恒佳建筑公司进场施工亦从该路段通行之事实，不排除该项目质量问题是华丰公司接收后新增加的。综上论析，对华丰公司主张该项目出现质量问题是由南海二建承建中造成的意见不予采纳，进而对同益达公司在《工程造价鉴定书》中确定市政部分修复费用为745084.97元不予支持。经核算，剔除《工程造价鉴定书》建筑部分其中混凝土垫层、环氧树脂胶泥封闭裂缝工程修复费用（31661.79元＋11663.7元＋14225.2元），以及后整理印花车间、漂染化工车间中计价重复的回填土机械夯实项目（10827.64元＋5466.33元），则涉案工程已完工部分修复费用金额为1751478.11元（1825322.77元-31661.79元-11663.7元-14225.2元-10827.64元-5466.33元）。
（四）关于涉案合同无效结算及华丰公司损失认定问题。依照《中华人民共和国合同法》第五十六条规定“无效的合同或者被撤销的合同自始没有法律约束力。合同部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效”，第五十七条规定“合同无效、被撤销或者终止的，不影响合同中独立存在的有关解决争议方法的条款的效力”，第五十八条规定“合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价赔偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”，虽双方签订的《建设工程施工合同》效力不予确认，但该合同关于争议解决条款对双方仍具有约束力。因建设施工合同的性质决定合同无效时不适用返还原则，只能采取折价赔偿方法结算工程价款。对于南海二建结算工程款主张及华丰公司诉请的损失，基于已查明的事实，依据上述法律，作如下认定：1、关于南海二建所完成的工程量款项计算问题。基于前列论析，按已经完成工程《工程造价鉴定书》（方案三）的修正，以及对已完成工程单列的项目室外临时道路、场平填土（标高从2.145到2.35）、建筑物土方挖填（按标高2.35）、挖除临时道路超高部分造价予以支持，结合南海二建退场剩余材料款为137849.58元之认定，则南海二建因涉案工程可获得工程款及应退还的材料款分别为25052872.21元、137849.58元。2、关于华丰公司主张的修复费用应否支持问题。根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第三条第一款之规定“建设工程施工合同无效，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人请求承包人承担修复费用的，应予支持”，涉案工程修复方案及费用已经明确，出现上述问题与南海二建施工过程中采取的措施不当具有关联，华丰公司要求南海二建承担该项费用正当合法，予以支持，依照对修复方案及费用范围修正，确定南海二建承担涉案工程已完工部分修复费用为1751478.11元，华丰公司主张修复费用为2570407.74元，不予支持。3、关于南海二建预交的80万元履约保证金应否退还问题。根据《建设工程施工合同》约定，如南海二建中途退场，停止施工，华丰公司有权没收其预交的履约保证金80万元，履约保证金在工程验收合格后10日内退还（期间不计利息）。因双方签订的《建设工程施工合同》约定的价款过低，违反了《中华人民共和国招标投标法》关于投标价格不得低于成本价之规定，导致合同无效，双方对此存在过错，南海二建退场与此具有关联。现涉案工程除需要修复的部分之外，其余部分已验收合格，且修复费用明确，予以支持，故此南海二建主张华丰公司应退还已预交的80万元履约保证金正当合理，予以支持。4、关于华丰公司主张的中途退场违约金、律师费、调查公证费、租金损失、停工损失、委托他人二次进场等损失应否支持问题。根据《建设工程施工合同》约定，南海二建违反合同约定，中途退场，应向华丰公司支付本合同工程总价的10%的金额作违约金，并对其他经济损失（包括银行利息、调查费、律师费）承担赔偿责任，故此在《建设工程施工合同》有效且南海二建客观上存在违约前提下，华丰公司提出的上述主张依法应予以支持。正如上述论析，涉案的《建设工程施工合同》属无效合同，双方对此均存在过错，涉案工程在实际施工过程中，存在工程量增加及设计发生变更，从造价方面分析，实际工程量相对合同约定的工程量进行了增加，势必影响南海二建施工进度、竣工期限。此外，华丰公司依照无效的合同约定支付工程进度款与相关工程量增加应支付的工程款，亦制约南海二建施工人员聘请、材料款支付，影响工程施工进度。另从本案事实而言，南海二建在承建涉案工程过程中不存在怠于履行合同义务行为。基于以上分析，各方对合同无效均有过错，应自行承担合同无效所产生的损失，据此对华丰公司主张的中途退场违约金、律师费、调查公证费、租金损失、停工损失、委托他人二次进场等损失不予支持。综上，南海二建已完工工程款为25052872.21元，扣减其应承担其中的修复费用1751478.11元，其可获的工程款为23301394.1元（25052872.21元-1751478.11元）。本案中，华丰公司已支付21208587元（20008587元＋民事调解书确认的120万元）。两者抵扣，南海二建应得工程款为2092807.1元。
（五）关于南海二建应得工程款利息计算。依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息”，第十八条规定“利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日”，本案中，双方对未支付工程款利息并未进行约定，依照上述法律规定，南海二建主张华丰公司从其起诉之日起即2007年8月6日起以未支付工程款为本金按照中国人民银行同期贷款利率计付利息正当合理，予以支持。因本案中南海二建未就应退还的材料折价款及履约保证金问题主张利息，对此不予审查。
（六）关于南海二建对涉案工程有无优先权问题。依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条规定“发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以申请人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿”，及《最高人民法院关于工程价款优先受偿权问题的批复》第1条规定“人民法院在审理房地产纠纷案件和办理执行案件中，应当依照《中华人民共和国合同法》第二百八十六条的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权”，第3条规定“建筑工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约所造成的损失”，建设工程款优先权是建立在双方签订的合同有效的基础上，因涉案《建设工程施工合同》无效，故此南海二建就可获支持的工程款主张优先受偿权理据不足，不予支持。
（七）关于本案鉴定费及诉讼费负担问题。涉案《建设工程施工合同》无效，各方均有过错，本案依法委托三个机构分别进行质量鉴定、修复费用鉴定、成本鉴定、产生鉴定费合计753149.84元（160000元＋40000元＋553149.84元），依据《诉讼费用交纳办法》第二十九条第一款、第二款规定“诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额”，结合本案具体情况，确定南海二建与华丰公司对上述鉴定费各承担一半，对于案件受理费按各方可获支持比例确定。
综上，一审法院判决：（一）确认南海二建与华丰公司于2006年5月23日签订的《建设工程施工合同》无效；（二）华丰公司应于判决生效之日起1个月内向南海二建支付工程款2092807.1元；（三）华丰公司应以判决第二项确定的款项为本金从2007年8月6日起至付清款日止按中国人民银行规定的同期贷款利率向南海二建计付利息；（四）华丰公司应于判决生效之日起1个月内向南海二建支付材料款137849.58元；（五）华丰公司应于判决生效之日起1个月内向南海二建返还80万元履约保证金；（六）驳回南海二建的其他诉讼请求；（七）驳回华丰公司的其他反诉请求。如果华丰公司未按判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。本诉受理费87187元，由南海二建负担64270元，华丰公司负担22917元；反诉受理费78599.98元，由南海二建负担7868元，华丰公司负担70731.98元。鉴定费、评估费合计753149.84元，由南海二建与华丰公司各负担一半，分别为376574.92元。
二审法院认为，本案争议的焦点问题是：（一）华丰公司与南海二建签订的《建设工程施工合同》效力如何认定；（二）南海二建应得工程款及利息如何确定；（三）华丰公司应退还材料款如何确定；（四）南海二建应承担的修复费用如何确定；（五）华丰公司的损失如何确定。
（一）关于《建设工程施工合同》效力的认定问题。根据《中华人民共和国招标投标法》第四十一条的规定，中标人的投标应当符合下列条件之一：（一）能够最大限度地满足招标文件中规定的各项综合评价标准；（二）能够满足招标文件的实质性要求，并且经评审的投标价格最低；但是投标价格低于成本的除外。故衡量华丰公司与南海二建签订的《建设工程施工合同》是否有效的关键在于涉案工程的投标价是否低于成本价。南海二建在一审时向法院提出申请，请求委托司法鉴定机构对涉案整体工程的造价成本、已完成工程项目造价进行鉴定。一审法院准许后，依法委托粤辉造价公司进行了相应的鉴定。粤辉造价公司依据《建设工程施工合同》、《施工总承包招标方案》、南海二建的投标文件、涉案工程的施工图及设计修改通知单、桩基础施工工程记录书、现场工程签证单、《分部分项工程量清单计价表》、施工现场勘察情况等相关材料，对涉案工程造价共出具了四个方案的《工程造价鉴定书》，鉴定机构主体适格，鉴定对象明确、程序合法，所鉴定项目与客观事实相符。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十一条的规定，粤辉造价公司作出的四个方案的《工程造价鉴定书》具有证明力。
根据粤辉造价公司对涉案工程出具的不含利润的《工程造价鉴定书》（方案一）的分析，即使不考虑南海二建应获得的人工利润，该工程造价成本亦需37886958.71元，相对双方签订的《建设工程施工合同》约定的29134105.62元，差额比例超过20%，即涉案工程的投标价远低于成本价，不符合《中华人民共和国招标投标法》第四十一条第二款的规定。鉴于南海二建与华丰公司签订的《建设工程施工合同》约定的中标价远低于《工程造价鉴定书》认定的造价，违反了上述法律规定，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第（五）项规定的“违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效”，南海二建与华丰公司就涉案工程所签订的《建设工程施工合同》（编号：06-142）应属无效，一审法院依法予以确认并无不当。华丰公司认为《建设工程施工合同》合法有效的上诉理由不能成立，不予采纳。
（二）关于南海二建应得工程款及利息的认定问题。华丰公司上诉主张，即使认为《建设工程施工合同》无效，原审判决认定南海二建应获工程款为25052872.21元也是错误的，其一，利润不应计入南海二建应收工程款；其二，四项单列项目室外临时道路、场平填土、建筑物土方挖填、挖除临时道路超高部分也不应计入南海二建应收工程款。其一，关于利润问题，鉴于双方对招标文件确定的造价未能达成一致，且南海二建在实际施工过程中，涉案工程的工程量客观上存在增加，设计亦存在变更的事实，故依据实际施工量即施工图相对招标文件，更能体现南海二建实际施工以及所完成的工程量状况。故在《建设工程施工合同》无效情形下，依据粤辉造价公司基于施工图作出的《工程造价鉴定书》（方案三）确定的造价更为合理。依据《工程造价鉴定书》（方案三）确定的造价，利润按人工费的27.5%计算则工程造价为24293011.90元，不计算利润的工程造价为23415362.50元，因南海二建具有建设工程施工资质且已经实际进行施工，确定按照人工费的27.5%来计算利润并计入工程款亦属合理。华丰公司认为利润不应计入南海二建应收工程款的上诉理由不能成立，不予采纳。其二，关于四项单列项目问题，对于已完成四项单列工程的项目室外临时道路、场平填土（标高从2.145到2.35）、建筑物土方挖填（按标高2.35）、挖除临时道路超高部分，上述项目属于施工过程中需要增加、变更的项目，粤辉造价公司参照《广东省建筑工程计价办法》（2003年）、《广东省建筑工程综合定额》（2003年）及投标预算计费标准计算该部分造价，计算方法合理，应当计入南海二建应收工程款。华丰公司认为上述四项单列项目不应计入南海二建应收工程款的上诉理由不能成立，不予采纳。其三，关于南海二建应得工程款的利息问题，依照《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条及第十八条的规定，当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计息。利息从应付工程价款之日计付，当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。本案中，双方对未支付工程款利息并未进行约定，建设工程未交付，工程款也未结算，依照上述规定，南海二建主张华丰公司从其起诉之日起即2007年8月6日起以未支付工程款为本金按照中国人民银行同期贷款利率计付利息正当合理。华丰公司认为其无需向南海二建支付工程款及利息的上诉理由不能成立，不予采纳。
（三）关于华丰公司应退还材料款的认定问题。经查，南海二建退场时，在2007年11月29日就现场剩余材料和铝合金材料的处理与华丰公司达成一致，由华丰公司依照《移交清单》上确认清点的具体材料及项目按照当时投标清单中有关价款接收。因该项目未委托鉴定机构进行鉴定，而华丰公司已接收使用，难以后续鉴定确定价款，一审法院结合《移交清单》上材料项目及完工状况，比对《工程造价鉴定书》与《工程量清单报价表》价款，参照南海二建依当时投标清单有关价格提出的价款229749.30元酌情支持六成并无不当。华丰公司认为该材料款不应计入南海二建应收款项的上诉理由不能成立，不予采纳。
（四）关于南海二建应承担的修复费用的认定问题。涉案工程由印花类成品加工车间、后整理印花车间、织造修补车间、五车间、漂染化工车间及空压机电房、综合楼、宿舍楼共七个项目构成，就上述项目质量修复费用存在两种认定。一是恒佳建筑公司接受双方委托于2007年12月15日就修复项目出具的《工程报价书》；二是一审法院依法委托的鉴定机构同益达公司在安固鉴定所出具的《质量鉴定报告》及答复、施工图纸、有关工程变更、签证资料、工程质量处理意见基础上，于2009年4月3日就涉案工程建筑部分及市政部分出具的造价鉴定结论。因南海二建坚持不同意采纳恒佳建筑公司提出的方案，双方就修复方案及修复费用无法达成一致意见，一审法院就此委托鉴定机构对涉案工程质量及修复费用进行鉴定，鉴定机构主体适格，鉴定程序合法，在无证据证明该修复方案及修复报告存在错误情况下，一审法院将其作为确定涉案修复费用的裁判依据并无不当。
又因在一审法院依法委托鉴定机构进行修复鉴定之前，对讼争已完成部分，南海二建与华丰公司、监理单位已于2007年9月15日进行了质量检验，签署的《分部分项工程量清单计价表》对后整理印花车间、漂染化工车间及空压机电房工程、宿舍楼工程、综合楼、五车间、印花类成品加工车间及织造修补车间等七个分项工程项目的检验情况作了记录，除极少一部分存在质量瑕疵外，确认已完成部分全部合格。同年11月16日，双方又与监理、施工、勘察、设计单位共同对已完成工程项目进行工程（中间）竣工验收，签署《工程（中间）竣工验收报告》，再次对存在质量问题部分工程的范围予以确认。由此可见，涉案工程合格部分及存在质量问题项目已经明确，同益达公司所作出的《工程造价鉴定书》涉及的鉴定项目应否采纳，应结合安固鉴定所作出的《质量鉴定报告》、南海二建与华丰公司以及监理机构等确认的《分部分项工程量清单计价表》、《工程（中间）竣工验收报告》确定的项目、范围进行审核认定。其一、关于《工程造价鉴定书》中建筑部分修复费用认定。《分部分项工程费汇总表》将后整理印花车间部分序号12、13、14三个分项工程即砌砖地沟及相应混泥土垫层、环氧树脂胶泥封闭裂缝工程修复费用予以计算不当，上述三个项目金额（31661.79元＋11663.7元＋14225.2元）应调整为0；《分部分项工程费汇总表》后整理印花车间、漂染化工车间中序号8“回填土机械夯实”与序号9“石渣充砂底层”、序号10“铺筑水泥石屑混合料”计价重复，应将两个项目序号8“回填土机械夯实”修复费用金额分别由10827.64元、5466.33元调整为0。综上分析，一审法院认为应当从《工程造价鉴定书》确定的涉案工程建筑部分修复费用中扣减上述三个项目金额及重复计价金额并无不当。其二，关于《工程造价鉴定书》中市政部分修复费用认定。市政部分即涉案的临时道路工程项目，关于增加的临时通行道路是否存在质量问题，2007年9月10日南海二建与监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院在七份《工程中间验收交接记录》中未提及，2007年11月16日华丰公司与南海二建、监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院共同对已完成工程项目所作的《工程（中间）竣工验收报告》中，华丰公司亦未提出异议。临时道路铺筑至安固鉴定所进行鉴定时已近两年时间，结合2007年8月双方发生争议后南海二建已停止施工，工程整体移交给华丰公司使用后亦已半年，而该期间第二标段施工单位恒佳建筑公司进场施工亦从该路段通行之事实，不排除该项目质量问题是华丰公司接收后新增加的。综上论析，一审法院对华丰公司主张该项目出现质量问题是由于南海二建承建中造成的意见不予采纳，进而对同益达公司在《工程造价鉴定书》中确定市政部分修复费用为745084.97元不予支持，亦无不当。
经过计算，剔除《工程造价鉴定书》建筑部分其中混凝土垫层、环氧树脂胶泥封闭裂缝工程修复费用（31661.79元＋11663.7元＋14225.2元），以及后整理印花车间、漂染化工车间中计价重复的回填土机械夯实项目（10827.64元＋5466.33元）。则涉案工程已完工部分修复费用金额为1751478.11元（1825322.77元-31661.79元-11663.7元-14225.2元-10827.64元-5466.33元）。华丰公司认为南海二建应承担的修复费用为2570407.74元的上诉意见不能成立，不予采纳。
（五）关于华丰公司的损失的认定问题。华丰公司主张《建设工程施工合同》合法有效，并主张中途退场违约金、律师费、调查公证费、租金损失、停工损失、委托他人二次进场等各项损失。如前所述，涉案《建设工程施工合同》已被确认为无效合同，双方对此均存在过错，涉案工程在实际施工过程中，存在工程量增加及设计发生变更，从造价方面分析，实际工程量相对合同约定的工程量进行了增加，势必影响南海二建施工进度、竣工期限。此外华丰公司依照无效的合同约定支付工程进度款与相对工程量增加应支付的工程款，亦制约南海二建施工人员聘请、材料款支付，影响工程施工进度。另从本案事实而言，南海二建在承建涉案工程过程中不存在怠于履行合同义务行为。基于以上分析，各方对合同无效均有过错，根据《中华人民共和国合同法》第五十八条的规定，双方应自行承担合同无效所产生的损失，据此一审法院对华丰公司主张的中途退场违约金、律师费、调查公证费、租金损失、停工损失、委托他人二次进场等损失不予支持并无不当，华丰公司认为其提出的各项反诉请求理应得到支持的上诉理由不能成立，不予采纳。
本院认为，本案再审的争议焦点为：（一）案涉施工合同的效力应如何认定；（二）华丰公司应否以及如何承担工程欠款及利息；（三）华丰公司的反诉请求是否成立，应否支持。
（一）关于案涉施工合同效力应如何认定的问题。根据已经查明的案件事实，华丰公司系采用邀请招标的方式发包案涉工程，虽然在具体实施中不符合邀请招标的相关程序规定，但考虑到佛山市南海区发展和改革局对工程发包方式已予核准，可以认定案涉工程履行了招投标程序，应当适用《中华人民共和国招标投标法》的相关规定。对于本案是否存在《中华人民共和国招标投标法》第三十三条规定的以低于成本价竞标的问题。本院认为，法律禁止投标人以低于成本的报价竞标，主要目的是为了规范招标投标活动，避免不正当竞争，保证项目质量，维护社会公共利益，如果确实存在低于成本价投标的，应当依法确认中标无效，并相应认定建设工程施工合同无效。但是，对何为“成本价”应作正确理解，所谓“投标人不得以低于成本的报价竞标”应指投标人投标报价不得低于其为完成投标项目所需支出的企业个别成本。招标投标法并不妨碍企业通过提高管理水平和经济效益降低个别成本以提升其市场竞争力。原判决根据定额标准所作鉴定结论为基础据以推定投标价低于成本价，依据不充分。南海二建未能提供证据证明对案涉项目的投标报价低于其企业的个别成本，其以此为由主张《建设工程施工合同》无效，无事实依据。案涉《建设工程施工合同》是双方当事人真实意思表示，不违反法律和行政法规的强制性规定，合法有效。原判决认定合同无效，事实和法律依据不充分，本院予以纠正。
（二）关于华丰公司应否以及如何承担工程欠款及利息的问题。对于案涉工程造价，一审法院依法委托粤辉造价公司所作《工程造价鉴定书》确定了四种方案，本院认为，案涉《建设工程施工合同》为固定总价合同，南海二建仅对部分工程进行了施工，在工程未竣工结算的情况下，原判决采信方案三作为确定工程造价的基础，接近工程实际造价情况，并无明显不当。对于《工程造价鉴定书》中的四项“单列项目”，华丰公司虽提出“室外临时道路工程”造价280750.86元，属于重复计算，但并未提供充分证据推翻上述鉴定结论，本院对其该项主张不予支持，该部分应计算在工程总造价内。对于“场平填土（标高从2.145到2.35）工程”，从《建设工程施工合同》约定看，提供水准点与坐标控制点应属于华丰公司的合同义务，且2006年8月30日的工程联系单证明南海二建在施工中已明确提出该问题，监理单位也在该工程联系单上予以确认，可以认定属于增项工程，该部分工程造价，应计算在工程总造价内。对于“建筑物土方挖填工程”，《工程造价鉴定书》中载明是以标高2.35为基准，而根据监理单位实测，案涉项目场地标高应为2.145，且没有证据证明该项工程是新增加的工程，因此，对此项工程造价不予计入。对于“挖除临时道路超高部分工程”，临时道路为南海二建所修，且该部分工程造价已经计算在工程总造价内，临时道路修建超高，应属于南海二建负责修复的内容，不应作为工程造价计算在内。综上，案涉工程已完工部分的工程款应为24293544.28＋280750.86＋224078.69＝24798373.83元。华丰公司已经支付21208587元，尚欠3589786.83元。
对于南海二建应得工程款的利息。原判决依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定，以南海二建起诉之日即2007年8月6日作为华丰公司欠付工程款的利息起算时间，已经充分保护发包人华丰公司的利益，并无不当。华丰公司再审主张以生效判决确定的给付之日起计算，无法律和事实依据，本院不予支持。
对于华丰公司应退还给南海二建材料款的具体数额，虽然南海二建在一审起诉时并未就此提出明确的诉讼请求，但这是因为当时该部分材料并未移交华丰公司。关于剩余材料款的退还问题，是在本案一审诉讼过程中，经一审法院组织调解，以出具调解书的形式对该部分材料移交进行了确认，并约定计价标准，因此，原判决将该部分材料款认定为华丰公司应返还的款项，符合双方当事人本意，不能认定超出当事人的诉讼请求。根据已经查明的事实，南海二建撤场时，双方就现场剩余材料和铝合金材料的处理达成一致，于2007年11月29日制作《移交清单》，由华丰公司按照当时投标清单有关价格接收。因此，原判决结合《移交清单》上材料项目及完工状况，比对《工程造价鉴定书》与《工程量清单报价表》价款，对于南海二建提出的价款请求酌定支持六成，不违反法律规定，该酌定属于法院自由裁量权范畴，并无明显不当。华丰公司认可由法院酌定，其虽对具体数额提出异议，但并未提供证据证明，对其该项再审主张，本院不予支持。
（三）关于华丰公司的反诉请求是否成立，应否支持的问题。首先，关于不合格工程修复费用问题。就案涉项目修复费用，存在两种结论：一是一审期间，双方共同委托恒佳建筑公司就案涉项目需要修复的工程提出《工程报价书》，认定上述问题修复所需造价为633026.42元，该方案得到了设计单位启源建筑公司认可。华丰公司对此方案亦未提出异议。二是参照一审法院委托鉴定机构所作的《质量鉴定报告》和同益达公司所作的鉴定造价确定为1751478.11元。本院认为，原判决采纳后者无事实依据，应予纠正。具体分析如下：1、根据已经查明的事实，南海二建与华丰公司、监理单位已于2007年9月15日对案涉工程进行了质量检验，除极少一部分工程存在质量瑕疵外，三方共同确认已完工程部分合格。同年11月16日，南海二建、华丰公司与监理单位建城公司、设计单位启源建筑公司、勘察单位广东佛山地质勘察院共同对已完工程项目进行工程（中间）竣工验收，对南海二建承建的七个项目的验收结果均为“审查合格，同意工程竣工（中间）验收”，上述事实说明案涉工程并不存在实质性质量问题。2、同益达公司虽根据安固鉴定所出具的《质量鉴定报告》作出了造价鉴定，但同时也注明，该《质量鉴定报告》不应作为判定是否属于诉讼施工合同承包范围的依据，如经过认可的实际修复方案与工程质量鉴定报告中的建议修复方案不同，则实际修复造价应以经过认可的实际修复方案计价。综合以上情况，认定南海二建承担修复费用633026.42元更符合本案实际情况。虽然南海二建对该项修复费用并未提起上诉和申请再审，但对此应综合判断。由于原判决认定案涉《建设工程施工合同》无效，在违约责任方面已经作出了有利于南海二建的认定，南海二建基于自身利益判断对原判决在结果上服判，但并不代表其认可原判决对修复费用的认定。实际上，南海二建在二审和再审中均对修复费用的具体数额提出了异议。故在对合同效力、工程款数额均予以改判的情况下，对原判决的该项认定依法纠错，符合本案实际情况，亦不违反法律规定。
其次，关于南海二建应否承担延误工期和擅自撤场的违约责任问题。建设工程合同中，承包人的主要合同义务是按照合同约定时间和质量标准进行工程建设。本案中，监理单位建城公司三次发函提出工程进度存在严重滞后，可以看出南海二建确实存在延误工期的情况。在华丰公司不存在欠付工程款的情况下，可以认定南海二建存在迟延履行的违约行为，应承担相应的违约责任。此外，根据本院再审查明的事实，南海二建在2007年6月24日将最后一批外墙工人全部撤走，工地处于完全停工状态。可以认定南海二建此时擅自撤场，属于《中华人民共和国合同法》第九十四条当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行的根本违约情形，应承担相应的违约责任。《中华人民共和国合同法》第一百一十四条规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。根据该条规定，合同一方存在迟延履行时，在支付迟延履行违约金后，还应当履行债务，而损害赔偿责任是由债务不履行转化而来，在违约方支付迟延履行的违约金后，如其尚存在根本违约情形导致债务陷于履行不能，则违约方还应当支付不履行的损害赔偿金。本案中，《建设工程施工合同》第三部分专用条款第20.2款明确约定了延误工期的违约金和擅自撤场的违约金。因此，南海二建应按约承担相关违约责任。对于延误工期的具体时间，根据监理单位建城公司2006年12月1日《关于工程进度严重滞后问题必须尽快解决的函》载明的事实，截至2006年11月30日实际施工天数为80天，案涉工程施工总天数为180日历天，即竣工日期应为2007年3月10日，至2007年6月24日南海二建擅自撤场，误工天数为104天。根据《建设工程施工合同》约定，南海二建应支付迟延履行违约金104万元。对于南海二建擅自撤场的违约责任承担，根据合同约定，华丰公司关于没收履约保证金80万元，支付工程总价的10％即2913410元作为违约金以及支付律师费和调查公证费的主张，有事实和法律依据，本院予以支持。因华丰公司并未提供证据证明约定的违约金低于其实际损失，故对其反诉请求中的其他损失，本院不予支持。综上，南海二建应向华丰公司支付违约金总计为4255610元。
四、裁判结果
（一）撤销广东省高级人民法院（2013）粤高法民终字第21号民事判决和广东省佛山市中级人民法院（2007）佛中法民五初字第20号民事判决；
（二）佛山市南海第二建筑工程有限公司与佛山华丰纺织有限公司于2006年5月23日签订的《建设工程施工合同》有效；
（三）佛山华丰纺织有限公司于本判决生效之日起30日内向佛山市南海第二建筑工程有限公司支付工程款3589786.83及利息（自2007年8月6日起至付清款项之日止按中国人民银行同期贷款利率计算）；
（四）佛山华丰纺织有限公司于本判决生效之日起30日内向佛山市南海第二建筑工程有限公司支付材料款137849.58元；
（五）佛山市南海第二建筑工程有限公司于本判决生效之日起30日内向佛山华丰纺织有限公司支付工程修复费用633026.42元；
（六）佛山市南海第二建筑工程有限公司已经支付的履约保证金80万元不予退还；
（七）佛山市南海第二建筑工程有限公司于本判决生效之日起30日内向佛山华丰纺织有限公司支付违约金4255610元；
（八）驳回佛山市南海第二建筑工程有限公司的其他诉讼请求；
（九）驳回佛山华丰纺织有限公司的其他反诉请求。
一审案件受理费87187元，由佛山市南海第二建筑工程有限公司负担64270元，佛山华丰纺织有限公司负担22917元；反诉案件受理费78599.98元，由佛山市南海第二建筑工程有限公司负担21000元，佛山华丰纺织有限公司负担57599.98元；鉴定费、评估费合计753149.84元，由佛山市南海第二建筑工程有限公司与佛山华丰纺织有限公司各半负担，分别为376574.92元。二审案件受理费165786.98元，由佛山市南海第二建筑工程有限公司负担66300元，佛山华丰纺织有限公司负担99486.98元。
本判决为终审判决。
五、裁判依据
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百零七条第一款、第一百七十条第一款第二项。