环境行政执法程序反映了法律关系中各主体在时间、因果关系的联系及上下左右的社会关系，明确了环境行政机关行使环境行政执法权所遵循的路线和方式。实际上，环境行政执法程序是环境行政机关解决行政执法案件、制定行政执法决定的过程。
1．告知
告知是指环境行政机关通过适当方式。将有关参加环境行政执法的必要信息传递给环境行政执法案件的当事人或环境行政相关人，使他们知道有关参加环境行政执法的必要信息。告知是环境行政执法的前提条件，是行政执法公开性和透明性的体现，也是公众参与环境行政管理和公民知情权的重要内容，对于顺利开展环境执法工作具有重要作用。告知通过下列方式来实现。
(1)环境法律规范的颁布环境法律规范的公布是环境执法的前提。环境法律通过国家主席令进行公布并刊登在全国人大常委会公报上。环境行政法规和行政法规性文件由国务院发布，或经国务院批准，由其主管部门发布，并刊登在《中华人民共和国国务院公报》上。
(2)环境法律规范的宣传与学习环境法律法规公布后，环境行政机关应充分利用各种渠道和方式，对其进行宣传，让广大群众了解环境法，懂得环境法。
(3)实施环境法的具体细则和告诉必要情报环境法公布生效后，各级环境行政机关特别是负责执法的基层环境行政机关，应结合本地区、本部门的实际情况，做出具体的实施决定并予以公布。对有可能成为执法对象或参加执法活动的环境行政相对人和相关人进行告诉。
(4)咨询和解释环境行政机关应根据行政相对人和相关人的要求，就其咨询的环境法律问题进行回答和解释，以此来进行指导和监督，促进环境法律法规的贯彻执行。
2．受理
受理意味着环境行政执法的开始，它指的是环境行政机关根据其法定职权或当事人申请，对有关环境行为进行审查，认为其符合条件而明确表示将其列入执法议事日程的行政行为。
受理案件的来源一般包括：当事人的申请、群众的检举揭发、环境行政机关在执法检查过程中主动发现、新闻单位的曝光及司法机关、党的纪律检察机关和其他行政机关移交的案件等。
案件受理的条件一般包括以下几条：一是必须有明确的责任者；二是提出受理的申请要有明确的请求；三是有环境违法事实并依法应当给予行政处罚；四是受理的环境行为属于受理行政机关的管辖范围，即有管辖权。
环境行政机关对于提起的受理申请，应当从方式和内容上进行审查，认为符合受理条件的，应当受理并立案查处；认为不符合条件的，不予受理，并及时通知提起受理申请的单位和个人，并向其说明理由；并应该允许其再次申请、提起行政复议或向法院起诉。
3．行政审理
环境行政执法中的行政审理是指环境行政机关就执法对象调查收集证据，查问当事人和询问证人，以弄清事实、准备制订环境行政执法决定的活动。环境行政机关可通过以下方式获得相关证据。
(1)环境行政机关要求行政机关相对人提交相关材料。
(2)环境行政机关还可以自行调查、取证。环境行政部门在调查取证过程中，可以聘请一些专业技术人员和法律工作者参与案件的调查、勘验、鉴定及分析等工作，以便获取科学可靠的证据。调查取证结束后，应形成书面报告，并提出处理意见。
4．行政处理决定
环境行政执法中的行政处理决定是指环境行政机关对执法对象或执法案件所作的具体的、单方面的、能直接产生法律关系的决定，使环境行政机关对其所受理的执法对象或执法案件所作出的处理意见，是整个环境行政执法过程中的中心环节。
环境行政机关在做出行政处理决定时，必须坚持合法原则，实事求是，做出正确公平的处理决定，而不得越权和违法，同时还应当充分考虑案件的具体情况，如环境违法行为的性质、客观情况、违法者的主观恶意及经济负担能力等，从而做出合理的处理决定，保证办案质量。
5．行政复议
环境行政执法中行政复议是指当事人对环境行政执法决定不服时，又做出该决定的环境行政机关或其上级环境行政机关或法律规定的负有监督职责的其他行政机关，根据环境行政相对人和相关人的申请或自己的职权，对原行政决定予以复查，审查其是否违法和适当，并做出决定的活动。
我国《行政复议法》对行政复议的原则、范围、申请、受理、决定和有关法律责任作了具体规定。行政复议机关履行行政复议职责，应当遵循合法、公正、公开、及时、便民的原则，坚持有错必纠，保障法律法规的正确实施。
我国《环境保护法》第四十条规定：“当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知之日起15日内，向作出处罚决定的机关的上一级机关申请复议。”复议机关应当自收到复议申请书之日起5日内进行审查，对不符合法律规定的行政复议申请，决定不予受理，并书面告知申请人；对符合法律规定的，但是不属于该行政机关受理的行政复议申请，应当告知申请人向有关行政复议机关提出；除上述情况外，行政复议自行政复议机关收到复议申请书之日起即为受理。
公民、法人或者其他组织依法提出复议申请，复议机关无正当理由不予受理的，上级行政机关应当责令其受理；必要时，上级行政机关也可以直接受理。
行政复议机关决定不予受理或者受理后超过行政复议期限不作答复的，公民、法人或者其他组织可以自收到不予受理决定书之日起或者行政复议期满之日起十五日内，依法向人民法院提起行政诉讼。
复议机关经过审查，分别作出以下复议决定：
(1)具体环境行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，决定维持；
(2)被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行；
(3)具体环境行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令该被申请人在一定期限内重新做出具体行政行为：主要事实不清、证据不足的；适用依据错误的；违反法定程序的；超越或者滥用职权的；具体行政行为明显不当的。
行政复议机关应当自受理复议申请书之日起六十日内作出复议决定；但是法律规定的行政复议期限少于六十日的除外。行政复议机关作出行政复议决定，应当制作行政复议决定书，并加盖公章。行政复议决定书一经送达，即发生法律效力。公民、法人或者其他组织对行政复议决定不服的，可以依照行政诉讼法的规定向人民法院提起行政诉讼，但是法律规定行政复议决定为最终裁决的除外。
6．行政强制执行
强制执行包括行政机关强制执行和人民法院强制执行两类。例如，《环境保护法》第四十条规定：“当事人逾期不申请复议，也不向人民法院起诉，又不履行处罚决定的，又作出处罚决定的机关申请人民法院强制执行。”这里的强制执行是指由人民法院强制执行。环境行政执法中的行政强制执法，是指负有履行某种环境行政执法义务或行政执法决定的人逾期不履行时，环境行政机关依法采取强制性措施迫使其履行的具体行政行为。
我国《行政复议法》第三十三条规定：“申请人逾期不起诉又不履行行政复议决定的，或者不履行最终裁决的行政复议决定的，按照下列规定分别处理：维持具体行政行为的行政复议决定，由作出具体行政行为的行政机关依法强制执行，或者申请人民法院强制执行；变更具体行政行为的行政复议决定，由行政复议机关依法强制执行，或者申请人民法院强制执行。”由作出具体行政行为的行政机关依法强制执行，以及由行政复议机关依法强制执行，都是指行政强制执行。
环境行政机关作出行政强制决定时，必须具备以下条件：被强制人负有环境法直接规定的义务，并且逾期未履行；被强制人负有的义务，是指履行某些具体环境行政执法行为或环境行政决定的义务；被强制人有不履行的故意，而不是客观上不能履行；法律明确规定，在当事人不履行义务时，环境行政机关可以采取行政强制措施；行政强制执行的执行机关是依法拥有环境行政强制权的执行机关。
环境强制执行可分为间接强制执行和直接强制执行两种。前者指当相对人逾期不履行相应义务时，环境行政执法机关通过间接方式强制其履行义务。主要有代执行和执行罚两种形式。后者是相对人不履行相应义务，环境行政机关在无法采用间接强制手段来迫使其履行义务，或由于情况紧迫，来不及采取间接强制手段的情况下，可以依法对相对人的人身或财产采取直接的强制措施。直接强制措施又分为对人身的强制和对财产的强制。我国的环境行政强制执行措施，具体包括强制履行、强制划拨、强制扣缴、强制拆除、强制检查等。