在法律上，无论是以船舶所有人名义还是以自己名义为船舶经营行为，船舶经营人应为船舶所有人的代理人。前者为显名代理，后者为隐名代理。代理制度的产生、发展，为社会生活发达的结果。其主要作用在于私法自治的补充及扩张私法自治之范围。船舶所有人正是以支付酬金为代价，利用船舶经营人的运营船舶能力，在船舶经营方面，使船舶经营人代自己为意思表示或代受意思表示，来最终实现自己的经营目标。
在合同法未颁布实施之前，我国民法通则确立的代理制度强调代理的公开性，代理行为必须以被代理人名义(本人)为之，只有这样，行为人实施民事法律行为的效果才能直接归属于本人。合同法的制订适应了代理制度国际统一的趋势，借鉴了英美法系代理制度的灵活性，于402条、403条规定了隐名代理及委托人的介入权和第三人的选择权。但应强调的是，据合同法48条、49条及民法通则有关代理的规定，即使在隐名代理，受托人以自己名义与第三人为法律行为也应以委托人的授权为基础。
在船舶委托经营场合，船舶所有人通过下面两种不同方式完成其授权：
1、船舶所有人自己不经营船舶时，将船舶经营人的名址登记于船舶所有权证书与营运证书，公示于大众，在这种情况下，可完全不考虑船舶的实际情形，而认为被登记之船舶经营人已获得授权。
2、当船舶经营合同约定船舶所有人承担经营行为的法律后果，且船舶的占有、使用权能已移转于船舶经营人时，船舶所有人事实上已完成了授权行为。因为尽管授权行为是单方法律行为，但授权仍可通过合同形式为之，该种船舶经营合同同时具有授权证书的效力。
船舶经营人既然为船舶所有人的代理人，而代理的核心是通过代理人的行动来构成委托人与外人的直接合同关系。在实践中，真正重要的问题是确立第三人与谁建立合同关系。
船舶经营人已被登记于船舶所有权证书及营运证书，且可合理推知第三人已知晓该种登记时，无论船舶经营人是以船舶所有人名义还是自己名义与第三人为法律行为，因登记所具有的公示效力，合同直接约束船舶所有人与第三人，
在船舶所有人并不自己经营船舶，又未将船舶经营人予以登记或即使登记而不能要求第三人知晓该登记时，区分船舶所有人订立合同的名义，合同当事人分别为：
船舶经营人以船舶所有人名义与第三人订立合同，合同在船舶所有人与第三人间生效，船舶经营人仅为船舶所有人的代理人，不享有合同的权利义务。
船舶经营人以自己的名义与第三人订立合同，船舶经营人属于合同当事人地位，应对该合同负责，合同当事人为第三人与船舶经营人。但是在该合同中，船舶经营人的当事人地位并不稳固，在下列情形下发生变动：
1、当船舶经营人因第三人的原因对船舶所有人不履行义务时，船舶经营人应当向船舶所有人披露第三人，船舶所有人此时有权介入合同，并可直接对第三人提出请求或在必要时对第三人起诉，行使介入权后，船舶所有人应对第三人承担义务。合同的当事人即因船舶所有人行使介入权变为船舶所有人与第三人。但在船舶所有人的介入权与合同中的明示、默示条款相抵触或第三人因信赖船舶经营人的资信而签订合同时，合同当事人仍为船舶经营人与第三人。
2、当船舶经营人因船舶所有人的原因对第三人不履行合同义务时，船舶经营人应向第三人披露船舶所有人，第三人发现船舶所有人后，享有选择权。他可以要求船舶所有人承担合同义务或向船舶所有人起诉，也可以要求船舶经营人承担合同义务或向船舶经营人起诉，但是上述两种选择互相排斥，第三人一旦作出明确选择，就不得而知再行变更。