(一)土地承包合同效力的认定。最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》明确规定：“未实际取得土地承包经营权的，法院不能受理。”《土地承包法》明确“承包方自承包合同生效时取得土地承包经营权。”也就是说，是否取得土地承包经营权，要看土地承包合同的效力。确认土地承包经营合同的效力，应坚持民主议定原则和程序合法原则，只要合同形式合法，原则上就应确定合同的效力；如果发包方违反法律强制性规定，越权发包，应当认定该承包合同无效，并根据当事人的过错，确定其应承担的相应责任；虽未召开村民会议或村民代表会议讨论，但合同订立时，已经征得多数农户同意并签字盖章的，应当认定该承包合同有效；对未经过民主议定，但合同已经履行多年的，村民一直没有提出异议的，也不能以违反民主议定来否认合同效力。
(二)农村集体经济成员资格的确认。只有集体经济组织成员才享有集体土地承包权和集体经济收益分配权及其他相关权益。《安徽省实施<中华人民共和国农村土地承包法>办法》规定的集体经济组织成员的八个条件，是以户口为主来确认村民资格。但在实际工作中，如果简单使用这一标准做出司法认定，不但不会解决农村中存在的类似问题，反而会引发更多的矛盾和冲突。认定是否具有集体经济组织成员资格，应以是否依法登记为农村集体经济组织所在地常住户口为基本依据，以是否形成较为固定的生产生活地为基本条件，以是否履行本集体经济组织内村民义务为基本要素，由村委会按照其多数人意愿确定是否是他们中的成员。也就是说，拥有本村户口的村民并不能等同于集体经济组织成员。
(三)发包方资格及其发包土地范围的确认。《土地承包法》规定，农民集体所有或国家所有依法由农民集体使用的农村土地，由拥有或使用该土地的农村集体经济组织、村民委员会或者村民小组发包。也就是说，土地全部属于村级集体所有的，由村集体经济组织或村委会作为发包方；土地属于村民小组所有的，可以由村民小组或村委会作为发包方
(四)妇女土地承包经营权的保护。目前，出嫁女、离婚丧偶妇女及入赘婿的土地承包经营权受到侵害的事情时有发生。审理涉及此类土地承包经营权纠纷，应坚持“农村土地承包妇女与男子享有平等权利”的原则，充分保护妇女的合法权益。对出嫁女，嫁入方所在地在没有解决承包土地之前，原所在地的发包方不得强行收回承包地；妇女离婚或者丧偶的仍在原居住地生活的，原居住地应当保证妇女有一份承包地；妇女离婚、
丧偶后不在原居住地生活而合法迁到其他地方的，新居住地所在村或村民小组在为其解决承包地之前，原居住地的承包方应当保留妇女的土地承包经营权，不得收回其承包地；集体经济组织在分配土地征用补偿费及其他收益时，应依据其承包经营权参与分配。
(五)土地承包经营权的流转保护。农村土地承包经营权流转的主体是承包方，承包方有权依法自主决定土地承包经营权是否流转和流转的方式。《土地承包法》对承包经营权的流转及保护作了详细规定，特别对“转让”设定了“应当经发包方同意”的限制条件。
(六)农村土地征用补偿分配纠纷的处理。征用耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。土地补偿费归农村集体经济组织所有，支付给行使土地所有权的集体土地经营管理单位；安置补助费支付给村集体经济组织及未被统一安置的被安置人员个人；地上附着物和青苗的补偿费支付给产权人、种植人。