目前，对农村宅基地使用权征用后的安置补偿的法律直接依据是《土地管理法》第四十七条。该条规定：征用宅基地的，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定，被征收土地上的附着物，也由省、自治区、直辖市规定。由于该条款规定的太笼统，以致实践中，对宅基地征用后的补偿安置，只能以省、自治区、直辖市的规定为准。
对农村房屋的征用补偿，涉及到两个不动产即宅基地和房屋。按照民法理论，补偿也应区分，因为两者的补偿标准和补偿性质都是不同的，对宅基地的补偿是基于土地被征用而产生，补偿对象是被征用的土地所有权人和使用权人；而房屋属于私人所有，补偿直接给被征用人。但目前，许多地方制订的关于集体土地房屋征用补偿方案中，都规定可将宅基地补偿费直接补偿给农户。在实际操作中，分货币补偿、房屋安置、另行审批宅基地安置三种方式。
1.货币补偿，是指宅基地征用后，对宅基地使用权人进行一次性安置，包括宅基地使用权和房屋两个补偿。宅基地使用权区位是指处于城市规划区具体的地理位置，依据政府规定的土地基准价进行评估而定，被拆除房屋按房屋的重置成新价确定。至于如何计算，国家没有统一规定，地方政府也就因地制宜。
2.房屋安置，是指拆迁人对被拆迁农户依法给予房屋货币补偿后，被拆迁农户再以其所得的货币补偿款购买拆迁人提供的国有土地上的安置房屋。这种情况主要是针对位于城市规划区内的村庄。在城市化过程中，集体经济组织的所有土地都被国家征用后，由政府出资规划建造统一的农村联体公寓或商品楼房，对失去房屋的农民予以安置，即地方政府所谓的“撤村建居”方案。该安置方式在实施过程中有两种方案：一是按照被征用的房屋建筑面积予以安置；二是在确认房屋建筑面积上结合被拆迁人家庭人口情况予以安置。
3.另行审批宅基地安置
是指征得区县政府同意，且本集体经济组织区域内还有可以安排宅基地的建设土地的，被拆迁农户在获得房屋货币补偿后再申请分配宅基地供其建造居住房屋，也有的集体经济组织异地成批建造农居房安置被征用农户。