1、有利的方面：
在行政程序中，有些相对人故意不提出申辩理由或者相关证据，被告可能因此而无法收集相关的证据，或者利用时间的拖延使被告在行政程序上以及证据收集等方面有所忽视。而原告或第三人在诉讼中却提出在行政程序中没有提出的反驳理由或者证据，使被告在行政诉讼中无以应对，以掌握主动。行政诉讼被告补充证据制度的确立，给予了被告基于原告或者第三人在行政诉讼中提出新的反驳理由和证据而补充新的证据的机会，以维护司法程序的公平性。
2、不利的方面：
(1)现行的行政诉讼被告补充证据制度不尽合理。因原告或者第三人提出其在行政程序中没有提出的反驳理由或者证据而准许被告可以在第一审程序中补充相应的证据，其补充证据的目的归根结底都是为了证明其具体行政行为合法。而以新证据证明原(被诉)具体行政行为合法，本身就与行政程序中的“先取证，后裁决”原则不相符合的。我国《行政诉讼法》规定，人民法院审理行政案件，审查行政机关具体行政行为合法性。具体行政行为合法性问题包含的内容很多，应当全面进行审查。既包括认定事实问题的审查，又包括适用法律问题的审查；既包括对实体问题的审查，又包括对程序问题的审查；既包括对是否超越、滥用职权的审查，又包括对是否不履行职权的审查。人民法院审查经过完整行政程序认定的具体行政行为事实时，不是重复行政机关的事实认定过程，而主要是依据被诉具体行政行为的案卷，按证据规则，对被诉具体行政行为的事实认定进行合法性审查。合法性审查主要指人民法院审查具体行政行为认定的事实是否具有证据、依据，而不应通过举证、质证、认证直接对行政过程的事实加以认定，用法院查明的事实代替行政过程认定的事实，用司法权替代行政权，更不应当以被告事后补充的证据所证明的事实来替代行政机关认定的事实，这不符合合法性审查的要求。现行的行政诉讼被告补充证据制度的确立，就使被告可能用事后补充的证据所证明的事实来替代其作出具体行政行为时认定的事实。
(2)不利于监督行政机关依法行政。由于被告可以就原告或者第三人提出其在行政程序中没有提出的反驳理由或者证据的补充证据，势必造成行政机关在作出具体行政行为时仅就自己认为有必要以及相对人有提出反驳的收集相应证据，而对具体行政行为的程序上的和实体的其它的证据和依据怠于收集。
(3)有可能导致腐败。由于人民法院的准许是先决条件，审理案件的是法官，实际上就是法官的准许，由于法律并未具体规定何种情形应当补充证据何种情形不应当补充，也就是无从监督，实践中一些法院认为，被告按照人民法院补充证据的要求调查收集的证据可以采纳。被告也以经人民法院许可为由，认为在诉讼过程中补充调查收集证据以支持被诉具体行政行为是名正言顺的。如此就给予了审理案件的法官的自由裁量权，而这种权力又无从监督，因此必然导致腐败。
(4)影响审判效率。如果原告或者第三人在诉讼中提出了在行政过程中没有的提出的反驳理由，而准许被告补充证据，必然要延期审理，人民法院往往不得不中断开庭以核实补充的证据，这样就会造成诉讼拖延，使案件长时间不能审结，影响行政审判的效率。