一、保税区货物的报关分为进出境报关和进出区报关。
1、进出境报关。保税区货物进出境报关采用报关制和备案制相结合的运行机制，即保税区与境外之间进出境货物，属自用的，采用报关制，要填写进出口报关单；属非自用的，包括加工、转口和仓储，采取备案制，要填写进出境备案清单，进入备案程序。
2、进出区报关。货物在进出区时，要根据不同的情况进入不同的报关程序。
（1）进出区货物。各种保税进口的料件和用这些料件生产的成品和半成品进区时，要报出口，要提交《加工贸易登记手册》，填写出口报关单，并提供有关的许可证件。海关不签发出口退税报关单。
货物出区时，则要报进口，按货物不同的流向填写不同的进口货物报关单。货物出区进入国内市场，按一般进口货物进行报关，填写一般进口货物报关单，并提供相关的许可证件。采用进口料件制成的成品和半成品，要根据所含进口料件的比例缴纳进口税。货物出区用于加工贸易的，按保税货物进行报关，要填写加工贸易报关单，提交《加工贸易登记手册》，按照已经批准的保税额度进行保税。货物出区给享受特定减免税企业使用时，要采用特定减免税的报关程序，当事人要提供《进口免征税证明》以及相关的许可证件，免缴进口税。
（2）进出区外发加工。外发加工是指加工贸易企业出口产品生产的某一环节由其他企业代为加工的业务。保税区企业的外发加工分为出区外发加工和进区外发加工两种情况，两者的开展均需经过主管海关的批准。
进区进行外发加工的，要持外发加工合同向保税区海关备案。加工出区后要进行核销，但不进入进出境的报关程序，即不填写进出口报关单，不缴纳税费。
出区进行外发加工的，则须由区外企业在当地海关办理备案手续，进入加工贸易合同备案程序，包括台账程序，加工的期限最长为半年。情况特殊的，经海关批准，可以延长，但延长的最长期限为半年。备案后，进入加工货物出区的报关程序。
（3）设备进出区。设备进区时，无论是施工还是投资所用，均要向保税区海关提交设备清单进行备案，但不进入报关程序，不缴纳出口税，海关也不签发出口退税报关单。即便设备是国外进口设备并已征进口税的，也不退进口税。设备出区时，也不进入报关程序，由保税区海关凭设备清单核销结案。
二、保税区货物的报关要点
1、除特殊货物外，不实行配额、许可证管理。保税区与境外之间进出的货物，一般不实行进出口配额、许可证管理，也不需提供许可证。但一些特殊的商品和货物则需受到配额和许可证的限制，这主要包括：实行出口被动配额管理的商品、易制毒化学品、能够制造化学武器的化工品、消耗臭氧层物质以及废纸等国家规定的特殊货物。
2、不实行银行保证金台账制度，加工料件全额保税。在保税区进行加工贸易，有些方面是要受到国家管制的，如国家明令禁止进出口的货物是不准开展加工贸易的，而有些货物的加工也需要有许可证或主管部门的批准。但在保税区进行加工贸易时不实行银行保证金台账制度，加工单位不需缴纳保证金，加工料件可以享受全额保税的便利。
3、从区外进入保税区的货物，按照出口货物办理手续。货物从区外进入保税区，相当于货物的离境出口，需要办理货物的出口手续。企业在办结海关出口手续后，可办理结汇、外汇核销、加工贸易核销等手续。但出口退税则必须在货物实际报关离境后，才能办理。
4、转口货物可以在保税区进行简单的加工。保税区内的转口货物可以在区内的仓库等地进行分级、挑选、刷贴标志、改换包装形式等简单加工。