(一)缺乏统一的从业资质标准
从现有知识产权鉴定机构看，大多数鉴定机构由专利、商标、版权等行政管理机关或所属的研究机构、社会团体设立，其从事鉴定业务主要源于所属部门在该行业的管理地位和提供鉴定服务的资源，没有行业公认的统一的准人标准和条件。从鉴定从业人员看，鉴定机构保留少数专职鉴定人员和工作人员，主要承担鉴定组织工作；实施鉴定的主要是与鉴定机构存在长期合作或临时聘用关系的各行业技术专家和法律专家。在鉴定人的资质标准、鉴定能力、遴选程序上也没有统一的要求，主要通过在鉴定个案中鉴定机构提供，当事人和法院的认可来确定。在实践中，一方面，出现鉴定机构和鉴定人资质各异，素质参差不齐，缺乏对鉴定人相关法律知识和鉴定原则的培训，还存住跨专业从事鉴定等问题。另一方面，鉴定人资质授予的缺失成为诉讼过程中鉴定意见遭到质疑的主要原凶，即使鉴定结论是客观公正的，也会影响采信。有时发生鉴定意见与专家咨询意见的矛盾，使法官与当事人无所适从。
(二)缺乏必要的行业管理和监督
知识产权鉴定基本处于没有行业监管的状态，一是没有负责归口管理的行业技术鉴定行政主管部门，国家知识产权局、商标局、新闻出版总署等行政机关均未将本行业的技术鉴定纳入行政管理范围，国务院412号令也未授予这些机关相应的行政许可权。二是在知识产权司法鉴定领域行政管理较混乱。一方面，人民法院出于诉讼需要，对从事知识产权鉴定的机构实行名册制管理。如北京市高级法院颁布了《知识产权鉴定机构管理办法》，通过考核、考察、注册等行政手段择优选择鉴定机卡勾，建立鉴定名册，为审判、行政执法及仲裁提供鉴定服务。另一方面，司法行政机关对知识产权鉴定机构和鉴定人实行登记管理。自l998年以来，司法行政机关依据国务院“j定”方案、国务院412号令或者地方性法规审核登记了一批知识产权鉴定机构和鉴定人，但在2O05年2月全闲人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》颁布后，由于未明确将知识产权鉴定纳入登记管理范围，原已由司法行政机关统一管理的知识产权鉴定事项又处于管理缺位的状态。其结果，方面，法院出于审判的需要而实行的名册制管理缺乏法律依据；另～一方面，司法行政机关实行登记管理又有法难依，与知识产权司法鉴定相适应的准入、监督、处罚等行政管理规范无从建立，处于无序的状态。三是没有相应的行业自律机构和制度。由于分工较细，缺乏领导，目前这类鉴定机构、鉴定人没有建立共同的行业协会或其他自律组织，处于各自为战的境地，缺乏必要的交流和行业监督。
(三)缺乏统一的鉴定规则
一是法律规范不够健全，判断知识产权侵权的有关规范过于原则，缺乏呵操作性，知识产卡义鉴定的法律依据不足；二是知识产权鉴定的各专业种类均缺乏统一的鉴定实施程序、技术标准和技术规范，鉴定规则都是各鉴定机构自仃设定。由于缺乏统一的技术操作平台，鉴定执业活动不规范，有可能导致鉴定意见的可靠性、有效性得不到保证，鉴定质量达不到诉讼的要求，影响了鉴定的公信力。不仅不能发挥应有的作用，并且成为多次鉴定、重复鉴定的重要原因之一。
(四)管理与使用之间缺乏适应诉讼需要、符合知识产权鉴定特点的制度链接
虽然在诉讼尤其是审判活动中，知识产权鉴定往往发挥着重要的作用，但由于难以委托到适合的鉴定机构、鉴定人，鉴定人出庭难，鉴定周期长，鉴定收费较高，鉴定意见质证复杂等原因，法院在审理中往往尽量避免采用鉴定证明方法，而在当事人自行提供鉴定意见的情况下，又处于难以审查的困境。鉴定的管理、签定的实施与诉讼需要之间存在脱节现象一。