我国著作权法和软件保护条例都规定了对于版权侵权行为，应承担包括赔偿损失在内的民事责任，但是对于如何计算损失赔偿金额都未作出规定。在受著作权法保护的许多种类作品中，计算机软件又有着开发较难、复制极易、经济价值往往大大超过其他许多种类传统作品的特点。因此，要确定软件版权侵权损失赔偿额的一般计算标准更不容易。但是，我国民法中的侵害赔偿原则是损害多少，赔偿多少，即全部赔偿，而不论是故意还是过失。对于软件版权侵权的损失赔偿额计算，应有三条基本原则，即：
(1)不让侵权人非法获利；
(2)足以有效地制止侵权行为；
(3)使版权人因被侵权而受到的实际损失得到赔偿。
对于软件版权侵权赔偿额的计算方法问题，可以参照我国对待商标侵权、专利侵权和不正当竞争的有关规定。
1.根据我国商标法第39条和最高人民法院《关于商标侵权如何计算损失赔偿额和侵权期间问题的批复》(1985年11月6日)的规定：在商标侵权案件中，被侵权人可以选择下列计算方法中的一种来确定赔偿额，请求赔偿：
(1)被侵权人可以按其所受的实际损失额来请求赔偿。
(2)被侵权人可以将侵权人在侵权期间因侵权所获的利润(指除成本外的所的利润)作为赔偿额。
对于上述两种计算方法，被侵权人可以任意选择其中一种，这对于根据实际情况解决实际问题，保护商标权，是一种行之有效的办法。
2.在专利侵权案件中计算损失赔偿额的办法，根据《最高人民法院关于审理专利纠纷案件若干问题的解答》(1992年12月29日)的规定，可以有以下3种：
(1)被侵权人可以按其所受的实际损失额来请求赔偿。计算方法是：因侵权人的侵权产品在市场上销售使专利权人的专利产品的销售量下降，其销售量减少的总数乘以每件专利产品的利润所得之积，即为专利权人的实际经济损失。
(2)被侵权人可以将侵权人在侵权期间因侵权所获的利润作为赔偿额。计算方法是：侵权人从每件侵权产品获得的利润乘以在市场上销售的总数所得之积，即为侵权人所得的全部利润。
(3)以不低于专利实施许可合理使用费的数额，推定为专利权人的损失赔偿额。显然，关于专利侵权的方法(1)、(2)与关于商标侵权的方法(1)、(2)是相同的；方法(3)是处理专利侵权特有的。在专利侵权审判实践中，法院有权根据案件的具体情况，选择上述三种方法之一确定赔偿额。另外，法院也允许当事人双方协商采用其他公平合理的方法计算损失赔偿额。
3.1993年12月1日起施行的《中华人民共和国反不正当竞争法》第20条第1款规定：“经营者违反本法规定，给被侵害的经营者造成损害的，应当承担损害赔偿责任，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润；并应当承担被侵害的经营者因调查该经营者侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。”我国反不正当竞争法的上述规定确立了损失赔偿额的计算原则：
(1)被侵害的经营者的损失，加上其为调查侵权人侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用；
(2)侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润，加上被侵权人为调查侵权人侵害其合法权益的不正当竞争行为所支付的合理费用。根据我国反不正当竞争法上述规定的精神，上述两种计算方法在适用时优先适用(1)，当无法适用(1)时，则适用(2)。