显然，由于《物权法》关于留置权限制的放开及商事留置权的设立，可以对海上运输货物行使留置权的主体大为增多，行使货物留置权所担保的债权也更加广泛。需要注意，在这些货物留置权中，因行使货物留置权而进人司法程序，海商法意义上的货物留置权适用《海事诉讼特别程序法》(简称《海诉法》)规定的海事诉讼程序，物权法意义上的货物留置权适用一般民事诉讼程序。而原来必须通过申请扣押船载货物来保全债权的海事请求人，很多可以在行使货物留置权(海商法意义上的货物留置权)与申请扣押船载货物这两种方式之间进行选择。而这两种方式在保护债权人利益方面，也各有利弊，有些甚至可以一并使用，二者相互间既有区别又有联系。
行使货物留置权(海商法意义上的，下同)与申请扣押船载货物的区别是：
1.救济性质不同。
行使货物留置权属于私力救济，只要条件成就，债权人可以依靠自己的力量和资源自行留置，无须附加其他义务；而申请扣押船载货物属于海事请求保全的强制措施，属于司法救济，申请人必须向货物所在地的海事法院申请，根据《海诉法》第16条的规定，海事法院还可以责令海事请求人提供担保。
2.是否需要占有标的物不同。
首先，行使货物留置权的前提是要合法占有债务人的货物(是债务人所有还是其合法占有，如上文所述仍有争议)，否则留置权无法成立。其次，留里货物期间，留置权人不得丧失对货物的占有，否则留置权消灭，当然，被非法剥夺占有及因司法程序丧失占有等情况除外。申请扣押船载货物则无此要求。再有，由于《物权法》第231条已经不要求商事留置权有牵连关系，这一点已和扣押船载货物所保全的债权关系一致，但是，扣押的船载货物必须属于债务人所有这一条件可能要比货物留置权严格的多，因为后者留置的货物是否属于债务人所有仍有争议(国际海上货物运输下的货物留置权除外)。
3.相关期限不同。
《海商法》第88条规定：“承运人根据本法第87条规定留置的货物，自船舶抵达卸货港的次日起满60日无人提取的，承运人可以申请法院裁定拍卖；货物易腐烂变质或者货物的保管费用可能超过其价值的，可以申请提前拍卖。”除货物易腐烂变质或保管费用过高的情况外，作为债权人的承运人为实现货物留置权须等待60日才可申请拍卖；作为债权人的其他海事求人，实现权利的期限《海商法》没有规定，所以应当适用《物权法》第236条的规定：“留置权人与债务人应当约定留里财产后的债务履行期间；没有约定或者约定不明确的，留里权人应当给债务人两个月以上履行债务的期间，但鲜活易腐等不易保管的动产除外。”即当事人可以约定债务履行期间，否则应当给两个月以上的履行期间。申请扣押船载货物，《海诉法》第16条规定，海事法院在48小时内作出裁定。裁定扣押的，根据《海诉法》第46条规定，海事请求人须在15日内起诉，否则扣押失效。
4.效力不同。
货物留置权是法定担保物权，行使货物留置权将使受担保的债权优先于其他债权(包括抵押担保债权)受偿；申请扣押船载货物，是海事请求保全的一种，属于财产保全制度。根据《民事诉讼法》(海事诉讼同时也适用该法)第94条第4款的规定，禁止重复查封和冻结，所以扣押法院有对扣押货物优先处理的权力；根据1998年7月18日施行的最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》第88条第1款的规定：“多份生效法律文书确定金钱给付内容的多个债权人分别对同一被执行人申请执行，各债权人对执行标的物均无担保物权的，按照执行法院采取执行措施的先后顺序受偿。”即对海事请求人的债权按照采取执行措施的顺序受偿。执行措施包括终局的生效法律文书的执行措施，也包括财产保全措施。所以海事请求人申请扣押船载货物可以得到相对其后执行的俊权人及无物权担保债权人的优先受偿。但是，根据本条第2款规定：“多个债权人的债权种类不同的，基于所有权和担保物权而享有的债权，优先于金钱债权受偿。有多个担保物权的，按照各担保物权成立的先后顺序清偿。”如果某货物已被留置权人进行留置，或者在法院实施扣押等司法保全措施当时声明对该货物行使留置权(留置权人不因司法措施导致的占有丧失而失去留置权)，行使货物留置权的债权人将得到比申请扣押船载货物的海事请求人更优先受偿的权利。在这一点上，物权法意义上的货物留置权也是如此。
5.实现债权的方式不同。
行使货物留置权的方式，《海商法》第88条规定的是“……可以向有管辖权的海事法院申请裁定拍卖”，《物权法》规定的是“债务人逾期未履行的，留里权人可以与债务人协议以留置财产折价，也可以就拍卖、变卖留置财产所得的价款优先受偿。”如上文所述，鉴于《海商法》既未规定其他方式，也未限制其他方式，应当认为《物权法》规定的折价、拍卖、变卖三种方式都可以适用于货物留里权的实现。扣押船载货物，只是一种海事请求保全措施，债权人实现债权必须依赖诉讼实体判决和执行程序。
行使海商法意义上的货物留置权与申请扣押船载货物的联系主要体现为二者主体上的包含关系，即凡海商法意义上的货物留置权的留置权人，均可以成为申请扣押船载货物的海事请求人。当然，物权法意义上的货物留里权的留置权人，则不一定能成为申请扣押船载货物的海事请求人，除非其债权受《海商法》调整。申请扣押船载货物的海事请求人因未必占有货物而不一定能行使货物留置权。
从行使货物留置权(海商法意义上的货物留置权)与申请扣押船载货物的区别与联系可以看出，就可以在行使货物留置权与申请扣押船载货物这两种方式之间进行选择的债权人而言，无疑行使货物留置权使其债权的优先受偿、私力救济的便利以及实现债权的方式的灵活性等方面具有明显的优势。但是，在实践当中，由于有时债权人对其债权金额、履行期间等内容的确定性，以及是否构成货物留置权、对留置货物之性质、价款的认识等难以把握，单纯行使留置权有时并不安全，毕竟行使货物留置权是一种私力救济。这时，可以考虑先行使留置权，再向法院申请扣押船载货物。通过法院的初步审查，可以减少其错误留置的可能性，也能在扣押期间通过司法程序向债务人施加压力，促其尽早履行债务。显然，这种将私力救济和司法救济相结合的方法是保障合法债权有效及时得以实现的最理想的选择。