公司收购可以采取协议的方式，也可以采用要约的方式，不过目前上市公司收购一般采取协议收购的方式。该方式一般为收购者在证券交易所之外以协商的方式与被收购公司的股东签订收购其股份的协议，由此达到其控制该上市公司的目的，虽然看似简单的收购方式却有法定的流程，而且有其不同于要约收购的弊端，这些内容需要收购方先了解，以便于避免收购中遇到不必要的麻烦。
协议收购与要约收购之区别
一般情形下，我国的上市公司进行收购会采用要约收购或者协议收购两种方式，区分开这两种收购方式才能够正确应用好要约收购与协议收购这两种方式。要约收购与协议收购的区别主要表现在：
1、交易场地不同
要约收购只能通过证券交易所的证券交易进行，而协议收购则可以在证券交易所场外通过协议转让股份的方式进行；
2、股份限制不同
要约收购在收购人持有上市公司发行在外的股份达到30%时，若继续收购，须向被收购公司的全体股东发出收购要约，持有上市公司股份达到90%以上时，收购人负有强制性要约收购的义务。而协议收购的实施对持有股份的比例无限制；
3、收购态度不同
协议收购是收购者与目标公司的控股股东或大股东本着友好协商的态度订立合同收购股份以实现公司控制权的转移，所以协议收购通常表现为善意的；要约收购的对象则是目标公司全体股东持有的股份，不需要征得目标公司的同意，因此要约收购又称敌意收购。
4、收购对象的股权结构不同
协议收购方大多选择股权集中、存在控股股东的目标公司，以较少的协议次数、较低的成本获得控制权；而要约收购中收购倾向于选择股权较为分散的公司，以降低收购难度。
5、收购性质不同
根据收购人收购的股份占该上市公司已发行股份的比例，上市公司收购可分为部分收购和全面收购两种。部分收购是指试图收购一家公司少于100%的股份而获得对该公司控制权的行为，它是公司收购的一种，与全面收购相对应。
上市公司收购可以采取要约收购或协议收购的方式。要约收购是指收购者在目标公司的股权较为分散的情况下向全体股东发出要约，收购一定数量目标公司的股份，从而达到控制该公司的目的。协议收购是指在目标公司股权较为集中的情况下通过私下协商的形式与目标公司股东达成股权收购协议，以达到控制该公司的目的。
公司协议收购的程序
公司协议收购虽然与要约收购有所不同，但在收购之时都需按照法定程序进行。一般公司协议收购是指依照法律、行政法规的规定同被收购公司的股票持有人以协议方式进行股权转让的收购。公司协议收购的双方要协商好收购事宜，在征得被收购股权所有人或其代表的同意，以及向有关主管部门申请批准转让，具体程序为：
1、收购双方协商收购事宜。
尽管收购协议的当事人是收购方以及目标公司的股东。但是通常情况下，收购方进行收购之前会与目标公司董事会提出收购意向，双方就收购事项进行磋商和谈判，最终就收购事宜达成一致意见。在大多数情况下，这些工作是在收购方与目标公司之间秘密进行的，所以协议收购一般都是善意收购。
2、征得被收购股权所有人或其代表的同意，以及向有关主管部门申请批准转让。
依据《上市公司收购管理办法》第16条的规定，涉及国家授权机构持有的股份的转让，或者须经行政审批方可进行的股份转让的，协议收购相关当事人应当在获得有关主管部门批准后，方可履行收购协议。
如果股权转让协议涉及国家股或者（国有法人股），必须向相应的国有资产管理部门提出报告，申请批准。另外有些特殊股份的转让还必须征得有关主管部门的批准。例如，在转让股份为外资股的情况下，必须获得外资管理部门的批准;如果上市公司为金融类公司，那么还必须获得中国人们银行总行的批准。如果出让的股份为非国有性质，那么股份持有人即为其所有人，只需征得持股股东的同意即可。
3、收购方与拟被收购的股权人签订收购协议。
股权转让协议是上市公司收购中最重要的法律文件，协议双方当事人应当在协议中约定收购股份的数量、价格和履行方式、期限、双方的权利义务。股权收购协议实行的是有限的意思自治原则，即协议双方只能在证券法律规范允许的范围内进行自由的协商。如果双方的协议内容超出了有关证券法的强制性内容，那么这些条款是无效的。我国法律对于上市公司协议收购的限制性规定包括：
（1）在上市公司的收购中，如果已经采取了要约收购方式进行收购，收购人在收购要约期限内，不能采取协议收购的方式进行收购。这是收购要约法律效力的必然要求。否则，一方面收购人对广大股民发出收购要约，同时又和控股股东进行协议收购的话，则很可能损害到中小股东的利益。
（2）发起人所持的股份在公司成立后3年内不得转让。股份一经发行，原则是可以自由转让的，但是法律对发起人自由转让其持有的股份的期限，是为了维持公司财产的稳定，同时避免发起人利用手中掌握的信息，进行内幕交易，损害其他股东和公司的利益。
（3）以协议收购方式进行上市公司收购，相关当事人应当委托证券登记结算机构临时保管拟转让的股票，并将用于支付的现金存放于证券登记结算机构指定的银行账户。这就是法律对于股权收购协议中关于协议涉及的股份和对价的支付方式的强制性要求。
（4）通过协议收购方式获取被收购公司股份并将该公司撤销的，属于公司合并，被撤销公司的原有股票由收购人依法更换。
（5）与要约收购一样，在上市公司协议收购中，收购人对所持有的被收购的上市公司股票，在收购行为完成后的6个月内不得转让。这也是为了防止内幕交易，维护证券市场的稳定、保护中小股东和公司的利益而设定的。
协议收购的弊端
任何事情都有利有弊，协议收购也不例外，收购方更多的想要追求利益，往往容易忽略其弊端之所在。目前上市公司收购采取协议收购的方式，存在着许多弊端和不足，其严重性正日益显露出来。主要表现在：
1、上市公司股份协议收购中行政色彩浓厚，许多地方政府为了保住局部利益，违背市场规律，导致很多上市公司协议收购案的形成都是拉郎配的结果。这样，既没有使得包袱企业能够脱胎换骨，反而拖累了优势企业。
2、非等价交易现象严重存在，一时间欺诈性重组行为比比皆是。
3、由于收购协议通常是收购方和目标企业的管理层私下形成的，缺乏外部监督，透明度很差，所以其中的自我交易和利益转移行很容易侵害中小股东和债权人的合法权益。
4、某些庄家或主力机构利用上市公司的重组题材，进行内幕交易和黑箱作业，借机疯狂炒作，造成股价大幅波动，不利于切实维护广大投资者的合法权益，难以维持一个公平、透明的市场运行秩序。
5、信息披露制度建设显得较为滞后。上市公司有关资产重组的信息披露不够充分，运作的透明度不高，导致上市公司信息披露的真实性、准确性和完整性难以保障，这容易引发上市公司和投资者之间因信息的不完全和不对称而产生逆向选择和道德风险等机会主义行为。
6、对劣质资产的剥离往往使债权失去应有的保障。
7、上市公司为了达到配股资格线或保住壳资源而进行的报表性资产重组现象较为普遍。
8、目前上市公司资产重组中有些只是为了粉饰财务状况而进行了报表性重组，并没有进行实质性的资产重组。
上市公司收购的两种方式各有利弊，一个操作程序比较繁杂，一个却相对简单，而且一个收购成本较高，而另外一个则较低，所以收购方需根据自己公司以及被收购公司的实际情况来选择以何种方式进行收购。当然选择好哪种方式之后还要按照法定程序进行，更要注意防范目标公司的反收购行为，从而避免陷入收购僵局之中。