专利许可合同未登记，引发效力争议
在诉讼实务中，经常发生被许可人以专利实施许可合同未经备案登记，主张合同无效的情形。根据我国《专利法》、《专利实施许可合同备案管理办法》的规定，专利实施许可合同应当办理备案登记手续。《专利实施许可合同备案管理办法》第5条规定：“当事人应当自专利合同生效之日起3个月内办理备案手续。”可见，专利实施许可合同登记并非是合同生效的要件，合同生效在前，合同备案在后，合同未予备案并不影响合同生效。
那么，为什么要进行合同备案？如果不备案，有什么弊端？对于独占性专利实施许可合同而言，如果没有备案登记，权利人违反约定再次向第三方授权许可的，第三方得以善意第三人抗辩，在先独占性被许可人不得追究其侵权责任，可追究权利人违约责任；如果在先许可没有备案登记，权利人再次向第三方发放独占性许可并经备案的，在后独占性被许可人可以对抗在先被许可人，从而禁止在先被许可人实施专利技术方案，在先被许可人可通过追究权利人违约责任获得救济。因而，笔者建议权利人以及被许可人及时办理许可合同备案登记，有利于保护合同双方合法权益。
收费计算约定不明，引发收费争议
权利人在专利许可中的收益，主要以获取许可费形式体现。常见的收费方式有固定收费(一次性支付或者分期支付)与浮动收费两种模式。浮动收费模式中，一种为完全浮动，一种为前期收费与浮动收费相结合。所谓前期收费是指权利人先行收取一笔保底的许可费，所谓浮动收费是指权利人根据被许可人的生产数量、销售金额等可变因素约定计算许可费的方式。对于生产数量、销售金额的监控成为合同履行过程中的难点。由于收费计算方式约定不明，导致的诉讼纠纷并不鲜见，因而权利人必须在合同中明确约定可操作性强、可检验的收费模式。
例如在一种灌装素鸡的生产方法发明专利许可案例中，权利人以前期收费与浮动收费相结合的方式收取许可费。在收取前期固定收费后，根据合成饮料的产量以及销售价格来计算许可费。如何统计被许可人的实际产量、如何监控被许可人的实际销售价格成为合同履行过程的难点。为此，权利人约定在被许可人的生产设备上安装电子计数器，以电子计数器统计的生产数量作为双方结算许可费的依据；此外，双方选定5家特定品牌的超市，以权利人在这些超市中公开购买的零售价的平均价作为双方结算许可费的依据。解决了这两个问题，双方在合同履行过程中结算许可费就不再具有争议，充分保障了权利人的利益。
许可条款过于苛刻，导致约定无效
我国《合同法》第329条规定：“非法垄断技术、妨碍技术进步或者侵害他人技术成果的技术合同无效。”我国《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第10条对“非法垄断技术、妨碍技术进步”的情形做了详细说明。主要包括以下情形：
1、限制再研发，即权利人限制被许可人在专利技术基础上进行新的研究开发或者限制被许可人使用改进后的技术；
2、强制回授，即双方交换改进技术的条件不对等，例如要求被许可方将自行改进的技术无偿提供给权利人、非互惠性转让给权利人、无偿独占或者共享该改进技术的知识产权；
3、限制获得替代技术，即限制被许可人从其他来源获得与许可专利技术类似或者具有竞争力的其他技术；
4、阻碍实施，即阻碍被许可人根据市场需求，按照合理方式充分实施被许可专利技术，包括明显不合理地限制被许可方生产产品或者提供服务的数量、品种、价格、销售渠道和出口市场；
5、非法搭售，即要求被许可方接受并非实施专利技术必不可少的附带条件，包括购买非必需的技术、原材料、产品、设备、服务以及接收非必需的人员等；
6、限制交易，即不合理地限制被许可方购买原材料、零部件、产品或者设备等的渠道或者来源；
7、禁止有效性质疑，即禁止被许可方对许可专利技术的有效性提出异议或者对提出异议附加条件。
上述涉嫌无效许可条款中，有一部分许可条件一律无效，例如对于限制再研发、强制回授、限制获得替代技术、非法搭售、禁止有效性质疑等条款；有一部分许可条款具有弹性，属于“不合理”范畴时，方为无效。因而权利人在进行限制或者行使相关权利时，必须把握好度，例如限制被许可人根据市场需求实施专利技术(即阻碍实施)、限制被许可方采购渠道。如果权利人在许可合同中列入了上述法律禁止的苛刻许可条款，可能导致合同整体无效，如果上述涉嫌无效条款不影响合同其他部分效力的，则其他部分有效，仅为上述法律禁止的苛刻许可条款无效。