为了规范海关对加工贸易企业的管理，《中华人民共和国海关加工贸易企业联网监管办法》将于2006年8月1日起实施。
《办法》降低了海关联网监管的门槛，指出，在海关注册的属于生产型的加工贸易企业，具有加工贸易经营资格的，可以向主管海关提出申请，实施联网监管。《办法》指出，海关应当根据联网企业报送备案的资料建立电子底账，对联网企业实施电子底账管理。电子底账包括电子账册和电子手册。
《办法》联网企业应当如实向海关报送加工贸易货物物流、库存、生产管理以及满足海关监管需要的其他动态数据。联网企业的外发加工实行主管海关备案制。加工贸易企业开展外发加工前应当将外发加工承接企业、货物名称和周转数量向主管海关备案。海关可以采取数据核对和下厂核查等方式对联网企业进行核查。下厂核查包括专项核查和盘点核查。