为了加强优良种畜培育，便于种畜的登记管理，农业部《优良种畜登记规则》指出，全国畜牧总站组织开展全国性优良种畜登记。畜牧行业协会将配合畜牧技术推广机构实施优良种畜登记工作。该规则将于2006年7月1日起实施。
农业部相关负责人指出，该《规则》的制定借鉴了国外种畜登记的相关办法。《规则》指出，农业部主管全国优良种畜登记管理工作。省级人民政府畜牧行政主管部门主管本行政区域内优良种畜登记管理工作。全国畜牧总站组织开展全国性优良种畜登记。省级畜牧技术推广机构组织开展本行政区域内的优良种畜登记。畜牧行业协会配合畜牧技术推广机构实施优良种畜登记工作。
《规则》指出，饲养牛、羊、猪、马等《中国畜禽遗传资源目录》中的家畜的单位和个人，可以自愿申请优良种畜登记，任何机构不得强制。优良种畜登记实行一畜一卡，记录内容包括种畜系谱档案、生产性能等。