为配合《放射性同位素与射线装置安全和防护条例》规定的辐射安全许可制度，国家环保总局发布《放射性同位素与射线装置安全许可管理办法》，自2006年3月1日起施行。
《办法》指出，在中华人民共和国境内生产、销售、使用放射性同位素与射线装置的单位，应当依取得辐射安全许可证。《办法》根据对人体健康危害程度从高到低，将放射源分为Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类、Ⅴ类，将射线装置分为Ⅰ类、Ⅱ类、Ⅲ类。
放射性同位素与射线装置的生产、销售、使用过程中，若管理不严、没有相应的辐射安全和辐射防护设施、对放射性废物和闲置废弃放射源不给予妥善处理，将会对环境和人员产生较大的危险,因此，《办法》从辐射安全与环境保护管理机构、专业技术人员和管理人员的资质、放射性同位素暂存库或设备、辐射的实体保护设施、包装容器和运输工具、辐射防护用品、辐射监测仪器、管理规章制度、辐射事故应急预案、放射性废弃物达标排放的处理等方面提出了具体要求。国家环保总局对放射性同位素进出口进行审批，放射性同位素转让的审批由省级环保部门负责，野外示踪试验由省级环保部门审批。
《办法》禁止非法转让放射性同位素，指出放射性同位素只能在持有许可证的单位之间转让。禁止向无许可证或者超出许可证规定的种类和范围的单位转让放射性同位素。未经批准不得转让放射性同位素。
废放射源如不能妥善收贮，将可能导致丢失、被盗事故发生，为防止废旧放射源扩散导致环境污染，《办法》规定，《办法》规定废旧放射源只能由放射源生产单位回收，或返回原出口国，或由有资质的废放射性废物收贮单位集中贮存；使用单位的废放射源临时存放时间不超过3个月；销售、使用单位在《办法》实施前已贮存的废放射源，也要求其在1年内按《办法》的规定送放射源生产单位、返回原出口方或送交有资质的废放射性废物集中贮存单位。