《办法》共分五章58条，明确指出，经海关总署对有关设施、场所验收合格后，保税物流园区可以开展存储进出口货物及其他未办结海关手续货物；对所存货物开展流通性简单加工和增值服务；进出口贸易，包括转口贸易；国际采购、分销和配送；国际中转；检测、维修等国际物流业务。《办法》规定园区内不得开展商业零售、加工制造、翻新、拆解及其他与园区无关的业务。海关对园区企业实行电子账册监管制度和计算机联网管理制度。
海关对园区与境外之间进、出的货物实行备案制管理，园区与境外之间进出的货物应当向园区主管海关申报。园区与区外之间进出的货物，由园区企业或者区外收、发货人或者其代理人在园区主管海关办理申报手续。园区内货物可以自由流转。园区企业转让、转移货物时应当将货物的具体品名、数量、金额等有关事项向海关进行电子数据备案，并在转让、转移后向海关办理报核手续。
为方便园区与区外之间进出货物的申报，《办法》指出，园区企业少批量、多批次进、出货物的，经园区主管海关批准可以办理集中申报手续，并适用每次货物进出口时海关接受该货物申报之日实施的税率、汇率。集中申报的期限不得超过1个月，且不得跨年度办理。法律、行政法规、规章规定不得集中申报的货物除外。
《办法》规定从园区运往境外的货物，除法律、行政法规另有规定外，免征出口关税。