为加强管仓库的管理以及监管仓库货物的管理，海关总署出台《中华人民共和国海关对出口监管仓库及所存货物的管理办法》。海关总署相关负责人指出，该办法对出口监管仓库的设立施行审批制，扩充了出口监管仓库的简单加工职能。《办法》将于2006年1月1日施行。
《办法》将出口监管仓库分为出口配送型仓库和国内结转型仓库。出口配送型仓库是指存储以实际离境为目的的出口货物的仓库。国内结转型仓库是指存储用于国内结转的出口货物的仓库。
《办法》规定，出口监管仓库的设立，由出口监管仓库所在地主管海关受理，报直属海关审批。申请设立出口监管仓库的经营企业，应当具有企业法人资格；具有进出口经营权和仓储经营权；注册资本在300万元人民币以上；具有专门存储货物的场所，其中出口配送型仓库的面积不得低于5000平方米，国内结转型仓库的面积不得低于1000平方米等。
《办法》明确规定了出口监管仓库货物简单的加工的范围，指出经主管海关同意，可以在仓库内进行品质检验、分级分类、分拣分装、加刷唛码、刷贴标志、打膜、改换包装等流通性增值服务。