为加强对重点污染源自动监控系统的监督管理，预防污染事故，国家环境保护总局出台《污染源自动监控管理办法》（以下简称《办法》），将于2005年11月1日施行。国家环保总局相关负责人指出，列入污染源自动监控计划的排污单位，应当按照规定的时限建设、安装自动监控设备及其配套设施，配合自动监控系统的联网。
《办法》规定，国家环境保护总局负责指导全国重点污染源自动监控工作，制定有关工作制度和技术规范。地方环境保护部门根据国家环境保护总局的要求按照统筹规划、保证重点、兼顾一般、量力而行的原则，确定需要自动监控的重点污染源，制定工作计划。重点污染源水污染物、大气污染物和噪声排放自动监控系统的建设、管理和运行维护都要适用该《办法》。此外，《办法》还详细规定了自动监控系统的建设以及自动监控系统的运行、维护和管理等工作。