为解决因客观原因造成进口单位对外付汇金额与实际到货金额之间存在差额而不能办理进口付汇核销报审手续的问题，进一步推进贸易便利化，减轻进口单位和外汇局的工作负担，《进口付汇差额核销管理办法》指出，将对进口付汇核销报审业务实行差额核销管理。
《办法》所称“核销差额”系指进口单位报审付汇金额与实际进口到货金额（即海关进口货物报关单中货物单价与数量乘积）间的差额。核销差额分为多到货核销差额和少到货核销差额两种类型。实际进口到货金额大于报审付汇金额的为多到货核销差额，实际进口到货金额小于报审付汇金额的为少到货核销差额。
《办法》明确规定四种情况的进口付汇核销报审业务实行差额核销管理，分别是：单笔合同项下一次付汇、一次到货、一次报审业务；单笔合同项下一次付汇、多次到货、一次报审业务；单笔合同项下多次付汇、一次到货、一次报审业务；单笔合同项下多次付汇、多次到货、一次报审业务。对进口单位差额核销报审业务实行按合同管理。对于单笔合同项下多次报审的业务，只有当合同执行完毕，在最终一次报审时，进口单位方可申请办理差额核销报审手续。?
为进一步规范进口付汇核销操作手续，妥善处理因历史遗留或客观原因造成的进口付汇逾期未核销数据，《进口付汇逾期未核销备查管理规定》对一些因历史遗留或客观原因造成的进口付汇逾期未核销数据实行备查处理，将其由日常监管数据库转入特殊监管数据库管理，以减轻国家外汇管理局分支局的工作负担，提高工作效率。但对这部分逾期未核销的进口付汇，企业仍负有办理核销的义务，外汇局也负有继续监管的责任。今后，对实行备查处理的数据，不再作为有关核销率和逾期未核销率的计算依据。
《规定》明确指出，七种付汇数据将列入备查范围：逾期未核销时间超过两年且已按有关规定移交外汇局检查部门的；外汇局下达处罚决定书3个月后企业仍未办理核销的；企业因涉案而导致无法核销的付汇，相关案件已经被公安机关、检察院、法院、海关等部门审结；由于破产倒闭或其他原因，企业被工商管理部门吊销或注销营业执照的；进口货物报关单进口日期为1998年9月1日以前，因无法核对进口货物报关单真实性导致企业无法办理核销的；2001年9月30日以前的信用证项下外汇垫款，经外汇局批准由银行购汇支付的；国家外汇管理局认定的其他应做备查处理的付汇数据。外汇局对备查资料应专档保存，保存期限为5年。