建筑企业农民工工资保证金退还手续如下：1、建筑工程主体完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业60%的工资保证金；2、设工程全部完工后，经审核确认建筑施工企业无拖欠农民工工资的行为，退还建筑施工企业剩余40%的工资保证金；3、设单位在建设工程全部完工办理决算后，经确认无拖欠行为，全部退还建设单位所缴纳的工资保证金；4、需要的资料：书面申请法定代表人委托书（委托经办人的）经办人身份证原已交保证金的票据或存折竣工验收报告原件及复印件工程决算单；5、电脑打印的往来账目清单：自开工到竣工的往来账目清单。
