土地使用权仍未得到完全补偿

根据新条例，公益征收按照公平补偿的原则，“对被征收房屋价值、因征收房屋造成的搬迁、临时安置、因征收房屋造成的停产停业损失进行补偿。对被征收人符合住房保障条件的，作出房屋征收决定的市、县级人民政府应当优先给予住房保障。对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。”相比于2001年《城市房屋拆迁管理条例》中的补偿条款，进步之处表现在，明确了“公平补偿”的补偿原则，但其补偿范围及补偿方式并未做出很大的改动。补偿的范围仍然过窄，最突出的表现是对土地使用权的补偿只字未提，仅以“类似房地产的市场价格”含糊过去。拆迁中最具价值的不是房屋，而是土地使用权，因此在征收房屋和收回土地使用权之间，基本法律关系是土地使用权是否能够提前收回的问题，土地使用权提前收回了，房屋也就只能一并征收了。

尽管新条例规定“对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。”这里的“类似”市场价格暗含了部分土地使用权的价格，但是又没有真实反映土地使用权的价格。比如，同样面积和地段的房屋，若不考虑对土地使用权进行补偿，对占地面积大的被拆迁人而言，仅对房屋进行补偿，这是不公平的。而新条例规定的“危旧房改造”，按照市场价对“危房”进行补偿，“危房”自然是不值什么钱的，因此，实际补偿时也不能不考虑土地使用权的价格。新条例的做法不涉及土地使用权，事实上是默许了将土地升值归于政府这对被拆迁人的权益保护是相当不利的。

2．其他无形利益得不到补偿

被拆迁人应该享有的其他利益，诸如良好的邻里关系、便利成熟的休闲场所和高质量的教育、医疗、市场设施等物质和精神方面的因素都会因为拆迁这一行为发生损失，然而在我国现行的法律制度中，这些具有独立价值的无形利益并不在我国的房屋拆迁补偿范围之内，这是一种私权保护制度不健全的体现。

3．评估制度仍不健全

新条例第二十一条第一款规定：房地产市场价格评估机构有被征收人协商选定；协商不成的，通过多数决定、随机选定等方式确定，具体办法由省、自治区、直辖市制定。”作为弱势群体的被拆迁人，由于信息不对称等多种因素，对评估机构的了解知之甚少，而目前我国房产评估机构资质参差不齐，这样的安排并不利于对房屋作出公平、公正的评估。评估标准仅以“按照房屋征收评估办法确定”一句话以概括，我们目前的房产评估制度并不完善，现行的房地产价格评估方法没有具体的规定或具体的确定方法，而不同的方法将使房地产的价格评估结果大相径庭，面对现行房产评估制度处于急需修订中的境况，新条例对评估办法却仅做了较为笼统的规定，这将会大大影响被拆迁人的房屋评估结果的客观公正。

4．承租人的利益只字未提

对于房屋，除了所有人以外，还有承租人，承租人在房屋拆迁过程中也遭受到了损失，离开熟悉的环境，不得不另寻他处，然而新条例仅对被征收人即房屋所有人进行补偿，对于承租人在拆迁过程中的权利和地位只字未提。而在现实生活中，大量存在的公房租赁的情况，使公房承租人的权利在拆迁过程中无法得到保障。即使在废除的《城市房屋拆迁管理条例》中，对于承租人在拆迁中的合法权益还有相应规定，从新条例的修改过程看，在征求意见稿中还是保留了关于承租人权益保护的条款，但正式的颁布条例却忽略了承租人的权益。现实中存在大量的公有或集体所有房屋的承租人，也存在商业房的承租经营人，前者往往不具备购买或承租市场价格房屋的能力，后者对其商业房也往往投入大量的资金或设施设备。而承租人的权益如果得不到适当的补偿，也有违公平合理的原则。

5．违法建筑的规定仍然过于抽象

新条例中规定：“市、县级人民政府作出房屋征收决定前，应当组织有关部门依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。对认定为合法建筑和未超过批准期限的临时建筑的，应当给予补偿；对认定为违法建筑和超过批准期限的临时建筑的，不予补偿。”对比于《城市房屋拆迁管理条例》中违章建筑的处理条款“拆除违章建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿；拆除未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿”，新条例只是将“违章”改为了“违法”，其他方面未作实质性的变动，其立法思路仍旧是防止被拆迁人在作出征收决定后投机取巧非法侵占公共利益。实际上，成都市金牛区唐福珍自焚和上海市阅行区潘蓉燃烧瓶等影响恶劣的事件，都是因为政府认为涉案建筑是违法建筑，不予补偿或只给少量补偿引起的。这两年，以拆“违”来推动拆迁，成为一些地方政府推进暴力和违法拆迁的重要手段，因此导致惨案时有发生。一些违法建筑有着其历史渊源，或是属于城中村，违法建筑的形成是复杂的，违法建筑由谁来评定？是否所有的违法建筑都采取同样的手段？一些政府为招商引资而允诺的建筑，最后由于地方政府的失信而变成违法建筑，又该如何处理？对于政府的失信行为又如何处罚？法律对此的定也是复杂的，若是没有相关具体而明确的规定，执法实践中产生的以免，并会因此产生一系列的社会矛盾。